12個月後對遺傳病全外重分析可提高診斷率並具有高性價比

單基因遺傳病是一種對患病家庭影響非常大的疾病，人群發病率可達1%，全球每年有135萬患者出生，這類疾病的診斷和治療非常複雜，大部分患者都得不到明確診斷。隨著二代測序技術的發展，特別是全外顯子測序的應用，單基因遺傳病的致病原因尋找有了有力工具，相比傳統方法診斷率有了很大的提高。全外顯子測序的早期應用可以避免侵入性檢查，縮短診斷周期，更有性價比。然而到底是全基因組測序（WGS）還是全外顯子測序（WES）更有性價比，目前沒有定論，不可否認的是，全基因組測序有檢測拷貝數變異（CNV）的技術優勢，就是價格太貴阻止了臨床的應用。

據說重新分析全外顯子測序數據可以提高未確診案例的診斷率，但是究竟什麼時候重新分析好像還沒有討論，因此我們對澳大利亞54名疑似單基因遺傳病患者進行重新分析，以評估臨床有效性及重分析的價值，希望我們的經驗對大家有所幫助。

案例收集

2013年7月到2014年7月臨床遺傳門診收集的患者，入組條件包括：臨床表型疑似單基因遺傳病、有遺傳病家族史、有父母DNA可以驗證、簽署知情同意書、未確診。

變異過濾與篩選

首先根據家族史進行位點篩選，每一種遺傳模式都進行了考慮。去除正常人群頻率中高於1%或者GEMINI軟體預測對蛋白影響較小的變異位點，分析新發突變時，只考慮那些患兒攜帶而父母未攜帶的位點。候選位點進一步使用SIFT、PolyPhen2，PROVEAN與CADD進行篩選。

12個月後重分析

結果

37個患者中有11名得到了診斷，先證者表現各異，其中一半是複雜型智力障礙，剩餘病例包括骨科、肝臟、神經、代謝的。13個家庭使用了trio測序策略，9個家庭只對先證者檢測，如果家庭中有多個患者，一般是患者進行WES測序。從診斷率來看trio達到46%（6個家庭）而先證者為22%（2個家庭）。

12個月後重分析

重新分析後又有4例得到明確診斷，從而使整體檢出率從30%提高到41%。其中兩例是因為科學發現新的基因與臨床表現有明確相關性，1例是在剪切位點附近，因為更多的家系共分離驗證與功能實驗，還有一例是生信流程的改進，通過合併calling提高了檢測的靈敏度。

討論

隨著時間的推移，有更多的基因與臨床表型被確認，更完整的臨床表型被收集，更先進的分析演算法，這些都要求對原始數據進行重新分析，有助於提高臨床檢出率。臨床遺傳學家與本地測序資料庫可以大大地減少待篩選位點，通過trio測序可以更多地排除待篩選位點。

我們的經驗是多學科的會診對於評估變異致病性非常關鍵，會診人員包括臨床遺傳師、遺傳諮詢師、遺傳病理師、科研人員。

對於某些案例，有限的臨床表型影響了變異的判斷，一個典型的案例是某患者臨床表型只有維生素B12缺乏，結果只在CUBN發現一個罕見的非同義突變，而該基因為隱性遺傳，另一個變異未找到，12個月重分析後，擴大了搜索範圍，在RPS26基因上發現了一個罕見的非同義突變，該基因與Diamond-Blackfan貧血有關，查看病例記錄發現該患者對維生素B12無反應，而紅細胞腺苷脫氨酶輕微提高提示Diamond-Blackfan貧血。通過對患者進行分子水平的診斷可以早期干預、監測併發症和特殊的評估有助於改善患者的臨床治療。

遊俠點評

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