靶向真菌序列測定診斷侵襲性真菌病更準確

翻譯：饒小嬌華中科技大學同濟醫學院附屬同濟醫院 重症醫學科

審校：鍾強 華中科技大學同濟醫學院附屬同濟醫院重症醫學科

Source：Gomez, C.A., et al., Performance of Targeted Fungal Sequencing for Culture-Independent Diagnosis of Invasive Fungal Disease. Clin Infect Dis, 2017. 65(12): p. 2035-2041.

摘要

侵襲性真菌病（IFD）有著較高的死亡率及費用負擔，且診斷及治療上的延誤通常與差的預後相關。對於IFD的診斷仍然存在一些挑戰。近十年出現的核酸擴增技術是診斷感染性疾病的另一種選擇。該研究探討了靶向真菌聚合酶鏈反應（PCR）在免培養的IFD診斷中的臨床價值。結果顯示，真菌測序對於已診斷的侵襲性真菌病的診斷敏感性和特異性分別為96.6%和98.2%。

真菌靶向測序使得IFD的診斷更為準確，另外對部分原蟲病的診斷有一定的覆蓋。診斷的陽性率與獲得檢測標本的量相關。

背景

近幾十年來，隨著免疫低下人群的增加，侵襲性真菌病（IFD）的發病率也顯著升高。IFD有著較高的死亡率及費用負擔，且診斷及治療上的延誤通常與差的預後相關。然而，由於以下一些原因，對於IFD的診斷仍然存在一些挑戰。

首先，IFD的臨床和影像學表現特異性不強；第二，取樣本前處理因素如經驗性抗真菌治療和樣本處理會嚴重影響真菌培養結果；第三，傳統的實驗室檢測方法如顯微鏡及培養缺乏敏感性；另外，病理組織學及細胞學難以準確地區分真菌的種和屬；最後，真菌生物學指標如β-D-葡聚糖和麴黴半乳甘露聚糖不能確認或排除臨床毛黴菌的感染。

近十年出現的核酸擴增技術是診斷感染性疾病的另一種選擇。該研究探討了靶向真菌聚合酶鏈反應（PCR）在免培養的IFD診斷中的臨床價值。

方法

該研究回顧性地評價了靶向真菌序列測定在確診及可疑的IFD病例中的診斷作用。研究標本共233例，為2009年1月至2016年9月期間送至斯坦福臨床醫療微生物實驗室行真菌序列測定的標本。分類為新鮮標本、福爾馬林固定的標本、石蠟包埋的標本及無菌體液標本。

117例為參照歐洲癌症研究和治療組織-感染性疾病學會（EORTC-IDG）和美國真菌病研究組（MSG）標準確診為IFD，其中60例被用來評價測序的敏感性，57例培養陰性的被用來評價特異性。另116例為真菌培養結果為陰性，但鏡下及輔助檢查提示為侵襲性真菌病的標本，被用來評價真菌測序在可疑IFD患者中的陽性診斷率。

標本處理後，新鮮標本及體液標本用QIAamp DNA Mini Kit，而FFPE標本用EZ1 DNA Tissue Kit提取DNA，以真菌核糖體RNA基因28S的內轉錄間隔區2（ITS2）及D2區域為靶基因設計泛真菌通用引物來進行RT-PCR，內參選擇人類β-肌動蛋白基因。

結果

真菌測序對於已診斷的侵襲性真菌病的診斷敏感性和特異性分別為96.6%（95% CI，87.4%~99.4%；58/60）和98.2%（95% CI，89.4%-99.9%；56/57）。

對於可疑的IFD患者，真菌序列測定總的陽性檢出率為62.9%（73/116），而參照EORTC/MSG標準確診為IFD的患者，陽性檢出率為71.3%（57/80）。

不同標本的敏感性沒有差異，分別為新鮮標本100%（25/25），體液100%（15/15），FFPE標本90%（18/20；P>0.05）。但開放活檢的標本檢出率（71.5%[40/56]）較粗針穿刺（50%[17/34]；P=0.04）及細針穿刺（0%[0/2]；P=0.009）陽性診斷率更高。

此外，對D2區的測序診斷了5例侵襲性原蟲感染，包括3例剛地弓形蟲，1例克氏錐蟲及1例利什曼原蟲。測序的結果改變了大多數疑診患者的治療。

討論及結論

儘管該研究的結果鼓舞人心，但仍存在一些局限性。首先，該研究是一個單中心的研究。第二，該研究沒有評價靶向測序時間。第三，雖然對大多數病例，病原學的確認對臨床抗真菌治療及外科干預產生了很大的影響，但沒有衡量對患者預後的影響。最後，該研究沒有比較靶向真菌測序和宏基因組學二代測序對於診斷IFD的差別。

真菌靶向測序使得IFD的診斷更為準確，另外對部分原蟲病的診斷有一定的覆蓋。診斷的陽性率與獲得檢測標本的量相關。

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