嬰兒建立健康的菌群，順序和時機可能很重要

今天是第719期日報。

Nature Reviews：菌群建立也有「先入為主」？

Nature Reviews Gastroenterology and Hepatology

[IF:13.678]

① 菌群擴散、分化、漂變和選擇這4個生態過程驅動嬰兒腸道菌群的建立；② 優先效應指的是，菌群擴散進入腸道的時間和順序，會改變其餘3個生態過程對嬰兒腸道菌群建立的影響，或對宿主健康帶來長期影響；③ 優先效應受地域性菌群集的影響，後者由大量地方性菌種組成，包括宿主相關和其他菌群；④ 今後的研究需將菌群擴散的順序和時間作為變數，引入實驗模型的建立和分析；⑤ 若菌群擴散的順序不可知，應當記錄與菌群變化相關的環境變數。

Role of priority effects in the early-life assembly of the gut microbiota

01-24 DOI: 10.1038/nrgastro.2017.173

Nature Reviews：鎮痛藥物濫用引發胃腸道副作用（綜述）

Nature Reviews Gastroenterology and Hepatology

[IF:13.678]

① 處方阿片類藥物的使用遍布全球，該類藥物相關發病率和死亡率大幅增加，但缺乏證據證明該類藥物對治療慢性腹痛的有效性；② 阿片類藥物對胃腸道有毒副作用，包括引發便秘和成癮性腹痛；③ 已有許多藥物或非藥物替代療法有望治療腹痛，但仍需進一步研究來確證何種方法最適合治療胃腸道紊亂病人的腹部疼痛 ；④ 合理使用阿片類藥物需要有效的監管理機制防止藥物濫用，持續的臨床記錄來評估用藥的風險-收益狀況，以及預防和治療藥物成癮的措施。

Opioid misuse in gastroenterology and non-opioid management of abdominal pain

03-01 DOI: 10.1038/nrgastro.2017.141

Lancet子刊：對於胃癌患者，術後放化療並不優於術後化療

The Lancet Oncology

[IF:33.9]

① 788名可切除胃癌或胃食管癌患者隨機分為2組，2組均在術前接受化療，一組在術後接受化療，另一組在術後接受放化療；② 化療組的中位生存期為43個月，放化療組的中位生存期為37個月，兩組間無顯著差異；③ 在術後治療期間，化療組的3級/4級不良事件發生率為48%/9%，放化療組的3級/4級不良事件發生率為41%/4%；④ 結論：相比於術後化療，術後的放化療並未提升胃癌患者的總生存期；⑤ 2組的患者術後治療依從性均較差，因此應優化術前的治療策略。

Chemotherapy versus chemoradiotherapy after surgery and preoperative chemotherapy for resectable gastric cancer (CRITICS): an international, open-label, randomised phase 3 trial

04-09 DOI: 10.1016/S1470-2045(18)30132-3

Lancet子刊：應重點關注胃癌的術前治療

The Lancet Oncology

[IF:33.9]

① CRITICS臨床試驗納入近800名胃癌患者，在高水平的手術和放療質量管理下，比較術後化療/放化療；② 術前化療且手術充分的患者，術後放化療不優於單純術後化療，OS、無事件生存期和局部控制率無差異，兩組均僅有半數患者完成計劃的術後治療；③ 術前化療、病理療效欠佳，應改為術後放化療還是繼續術後化療，需結合最佳的圍手術期化療方案綜合考慮研究；④ 胃癌放化療研究的主要方嚮應為術前治療，與術後治療相比具有明顯的生物學和臨床優勢。

A CRITICal period for chemoradiotherapy in gastric cancer

04-09 DOI: 10.1016/S1470-2045(18)30153-0

用宏基因組測序鑒定人工關節感染中的病原體

Clinical Infectious Diseases

[IF:8.216]

① 測試從408份臀部及膝蓋的人工關節中獲得的液體樣本，包括213份感染樣本及195份未感染樣本；② 在115份培養陽性的樣本中，利用宏基因組測序方法可在其中109份（94.8%）中鑒定出已知病原體；③ 在98份培養陰性的樣本中，宏基因組測序方法可在其中43份（43.9%）中鑒定出新的潛在病原體；④ 在195份未感染樣本中，宏基因組測序方法僅在7份（3.6%）中鑒定出微生物；⑤ 宏基因組測序是用於檢測人工關節感染中的病原體的有力手段。

Identification of Prosthetic Joint Infection Pathogens Using a Shotgun Metagenomics Approach

04-10 DOI: 10.1093/cid/ciy303

可重複的提取分析人糞便噬菌體組的實驗流程

Microbiome

[IF:8.496]

① 開發一種簡單、可重複的低成本方法提取人糞便樣本中的病毒核酸，可用於高通量測序分析；② 具體步驟為：用SM緩衝液製成糞便勻漿，離心+過濾去除細胞及較大的顆粒，隨後用氯化鈉/PEG8000將病毒及核酸進行沉澱；③ 氯仿抽提後，使用DNA酶及RNA酶除去遊離的核酸，獲得病毒顆粒富集後的樣本，最後用試劑盒提取病毒核酸；④ 儲存於4度或室溫對糞便噬菌體組有適度影響，多次凍融對糞便噬菌體組的影響較小，操作者的因素對糞便噬菌體組的影響較大。

Reproducible protocols for metagenomic analysis of human faecal phageomes

Immunity：NLRP6對多樣性高的菌群有影響

Immunity

[IF:22.845]

① 菌群研究中可重複性是一大挑戰；② 早期研究表明NLRP6炎性體缺陷與菌群失調相關，加劇了腸道炎症和代謝紊亂；③ 後續研究為排除飼養因素的影響，使用同窩小鼠作為對照，但結論不一；④ 在無法重現「NLRP6影響菌群」的實驗中，可能小鼠菌群多樣性較低或缺乏觸發菌群失調的「導火索」菌，Galvez等人的研究支持這一點；⑤ 應在野生型和突變型無菌小鼠中，進行自發或糞菌移植誘導的菌群重建，判斷宿主基因對菌群的影響，以驗證同窩小鼠研究的結論。

NLRP6 and Dysbiosis: Avoiding the Luring Attraction of Over-Simplification

04-17 DOI: 10.1016/j.immuni.2018.04.002

Immunity：Nlrp6炎性小體對菌群的影響缺少普適性

Immunity

[IF:22.845]

① 菌群受多種因素調節，用小鼠研究菌群需仔細控制實驗變數，如同窩（littermate）對照；② 幾項用同窩小鼠對照的研究表明，Nlrp6或炎性體對菌群的影響缺少普適性；③ 特定菌群環境可能影響Nlrp6對菌群的作用，但這種特定菌群環境得出的結論是否有生理意義並不清楚；④ 用菌群移植分析宿主基因對菌群的影響可能用處有限，應加入同窩小鼠對照以盡量排除干擾因素；⑤ 如在親代+/-小鼠中定殖特定菌群，分析子代+/+和-/-小鼠斷奶分籠後的菌群差異。

Defining the Impact of Host Genotypes on Microbiota Composition Requires Meticulous Control of Experimental Variables

04-17 DOI: 10.1016/j.immuni.2018.04.001

感謝本期日報的創作者：小腸君，沈志勛，花開，mildbreeze

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