生物信息百Jia軟體：tRNAscan

通哥點評

與rnammer工具類似，tRNAscan專門用於轉運RNA的預測，由於轉運RNA具有固定模式，而且非常顯著的倒三葉草模式，因此預測並不難，準確性也比較高，所以，在這個分析方面基本上沒有對手，也沒有太多類似的工具，對於tRNA預測，掌握這一款工具就差不過夠了。

一、功能分類：

轉運RNA預測

二、軟體官網：

http://lowelab.ucsc.edu/tRNAscan-SE/

三、軟體介紹:

tRNAscan-SE 工具中綜合了多個識別和分析程序，通過分析啟動子元件的保守序列模式，tRNA 二級結構的分析，轉錄控制元件分析和除去絕大多數假陽性的篩選過程，據稱能識別99%的真實tRNA基因，其搜索的速度可以達到30kb/秒。該程序適用於大規模人類基因組序列的分析，同時也可以用於其它DNA 序列。並且可以在Web上使用這個工具，也可以下載這個程序。

四、下載安裝：

需要註冊下載

五、軟體使用：

直接敲tRNAscan-SE命令，就會輸出軟體的幫助信息。

-B/-P 搜索細菌類的tRNA ，如果是細菌就選擇-B或-P

-A 搜索古菌類的tRNA

-O 搜索細胞器的tRNA，如線粒體和葉綠體

-G 一般真核細胞的tRNA

-o 最終的結果文件

-f 生成的tRNA 二級結構文件

-m 生成的統計結果文件

-a 生成ACeDB 格式的結果

-H 為輸出一級和二級結構的分值

-q 為安靜模式運行

-h 則為答應幫助信息

六、使用案例：

七、常見問題：

1、軟體默認安裝到HOME目錄下，可以修改Makefile中的$HOME變數進行修改；

2、需要將程序目錄添加到export PERL5LIB變數中，否則會提示找不到perl模塊；

3、原始的輸出結果只是列表形式的結果，需要自己從原始文件中提取出序列。

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