轉錄組分析工具最優組合

最新 05-21

隨著高通量測序技術的迅速發展和成本的下降，轉錄組測序(RNA-seq)已經成為轉錄組研究的一個重要手段，同時也湧現了大量的分析工具。但是到底哪些工具以及工具的組合可以使用並且最優？美國多個研究人員去年底聯合在Nature Communication 上發表「Gaining comprehensive biological insight into the transcriptome by performing a broad-spectrum RNA-seq analysis」研究性論文，深入探索了大量RNA-seq分析流程。他們同時測試了短讀長和長讀長技術，囊括了39種分析工具，120種組合方式對15種樣品(包括生殖細胞、腫瘤細胞和幹細胞等等)進行了490次分析。總結出一套綜合性高準確性的RNA-seq分析流程，可以幫助研究者通過廣泛轉錄組的分析獲得更多相關生物學的信息。

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短reads

比對：基於參考基因組的情況下，HISAT2具有最快的比對速度和最準確的拼接。但靈敏度小於STAR。StringTie在基於比對的轉錄組組裝分析下在速度、準確度和靈敏度都優於Cufflinks；

在沒有參考基因組或轉錄組的情況下，Oases工具表現優於Trinity和SOAPdenovo-Trans, 從頭組裝的過程中，轉錄本的N10到N50值都最高。

轉錄本定量：不經過比對的Salmon-SMEM和kallisto工具獲得了最好的一致性和準確度。

差異基因分析：DESeq2和edgeR可以獲得高準確的差異分析。

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長reads

三代測序技術PacBio產生長讀長reads，文章中使用的數據中值達到1164bp。

長reads錯誤更正：LoRDEC工具在準確度和速度上優於LSC。

長reads轉錄本識別：IDP的二代、三代雜交方法（與GMAP和STARlong）聯合使用會預測出更多的轉錄本。

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RNA-seq變異分析

除了得到表達量信息，RNA-seq數據也可以用來鑒定重要的基因組和轉錄組變異。

變異識別：GATK是一個準確的變異位點檢測工具。可以和不同的比對工具(HISAT2、STAR和RASER)聯用。

RNA編輯鑒定：GIREMI可以不依賴基因組通過SNP/INDEL的聯鎖分析準確鑒定RNA編輯。

RNA融合：對於短reads，FushionCatcher是最敏感和精確的工具。對於長reads，IDP-fushion精確度最高。

以上是對轉錄組數據分析的工具組合介紹，百諾大成轉錄調控團隊有豐富的轉錄調控分析經驗、詳盡的結果報告、精美的圖形展示、個性化的定製分析，滿足科研的多維需求。

參考文獻：

Sahraeian, S., Mohiyuddin, M., Sebra, R. et al. (2017) Gaining comprehensive biological insight into the transcriptome by performing a broad-spectrum RNA-seq analysis. Nature Communication, 8, doi:10.1038

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作者：Elisa 校對：Shirley 編輯：李香玲