年引用量數千的經典軟體MEGA又出新版本啦
風靡全球的系統進化樹操作軟體MEGA 又出新版本啦！
5月2日，MEGA（Molecular Evolutionary Genetics Analysis）的最新版本MEGA X在著名分子進化雜誌Molecular Biology and Evolution（業內一般簡稱MBE）上正式刊出。
MEGA的上一版本要追溯到的2016年的MEGA7了，這一版的名字叫MEGA X。小編一時沒太看懂，莫非X是羅馬數字10的意思？文章慢慢看下去，才發現根本不是這個意思。其實文章的標題已經點到了，摘要里說的就更清晰了：
聯想X的形狀，顯然，這裡的X不是第十版的意思，而代表了cross-platform。為什麼是跨平台呢？如果小編沒有記錯的話，之前的MEGA版本都是運行在Windows操作系統的。其在老版本的MEGA在其他操作系統的運行需要通過虛擬環境等方法。而這一障礙在MEGA X中得到了解決。小編試了一下，選擇Ubuntu/Debian，果然只有MEGA X有提供，MEGA 7是沒有的。
既然在版本上沒有升級，主要亮點是跨平台運行，那麼大家對MEGA X在功能上的更新可能需要調低一下期待值了。我們來看一下MEGA X有什麼新功能。
我們前往https://www.megasoftware.net/history，可以看到實際上早在今年二月份，MEGA X就已經在去網站公布了，只不過文章遲了一步。其主要updates如下
可以看到，與早前的版本想比，其功能上的更新幅度並不是很大。
如下圖，分別是MEGA 7， MEGA6第一次發行時的更新說明
小編下載安裝了MEGA X。小編感覺其基本上延續了MEGA傳統版本上手容易、風格全面、簡潔生動的特點。其界面與MEGA 7相比更加友好了。
左為MEGA X 右位MEGA 7
讓我們再看看文章裡面的圖2：怎麼樣，是不是界面煥然一新的感覺？
小編選擇了MEGA自帶的數據集
（植物葉綠體蛋白序列，由不同基因拼接起來），對MEGA X和MEGA X進行了一番建樹方面的比較。選取的方法是最大似染法（maximum likelihood）。4個線程，100次bootstrap檢驗。為簡化計算節約時間，其他參數都選擇默認。
MEGA X（左）和MEGA 7（右）得到了相似的結果：
時間方面MEGA X為22分鐘，MEGA 7為30分鐘，可見MEGA X的提速還是可以的。對於MEGA X其他更新的性能，講實話小編覺得或者是小的更新，或者並不太清楚，所以竊以為MEGA X較以前版本帶給用戶最大的improvement也許就是多核和跨平台的使用吧。當然具體花費的時間還會因使用的電腦性能而已。
值得一提的是，這次MEGA X的論文選擇發表的文章體裁（type）是簡約通訊（Brief Communication）。小編查了一下，該體裁的文章在MBE上只發表過三篇，不知道是不是專登為了MEGA X等軟體新推出的呢？另外，MEGA X投稿時間和接收時間多少令人玩味，從投稿到接受只有11天。
btw：小編吐槽一下，為什麼小編之前的不少稿件（當然並不一定是該雜誌）在11天的時候還未送外審呢？
我們看一下MBE雜誌對於節約通訊這種文體的介紹可以明白一些了。
原來，它是由編輯擔任主要審稿人（primary peer reviewer），上圖寫的很清楚。小編還是斗膽發表一下自己的疑惑：如果只有編輯進行審查，是否稱得上是peer review呢？另外，由上圖所示，MBE的簡約通訊需要very significant and immediate impact on scientific community，且在750個英文單詞以內，簡而言之，就是簡約而不簡單！看看MEGA 7吧，自16年5月發表以來，截止18年5月引用數目已達到驚人的4962次,MEGA6自13年10月發表以來更是達到了難以置信的22000餘次引用（谷歌學術），所以，我們有理由相信MEGA X也一定可以給超級多的研究人員提供很大幫助。再者，可能有讀者也了解到，MEGA X的第一作者，美國天普大學（Temple University）教授Sudhir Kumar先生，恰是MBE雜誌的主編（關於該話題更多內容也可以點擊生信人之前的這篇推送:進化樹專題四）。總之，小編竊以為，以上這些原因結合起來，MEGA X的火速出刊似乎也就不足為奇了吧。
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