物種信息查詢有這一個資料庫就OK啦

做科研可能會遇到這種情況，如果想研究某個物種，想對其做基因組測序，那麼在做之前就要調研一下，想要研究的這個物種是否已經做過基因組測序，參考基因組序列是否完善，其他人對該物種都做了哪些研究；換句話，或者說想對某個物種進行重測序分析，但是又不清楚所研究物種的相關信息，比如說該物種是否已經公布了參考基因組序列，基因組大小有多大，基因組組裝情況如何等等信息。那麼從哪裡可以快速準確的獲取這些相關信息呢？今天小編跟大家分享一個資料庫，希望能對大家的科研有所幫助。

該資料庫就是NCBI的Taxonomy，這是一個分類資料庫，其中收錄了有將近300,000種物種信息，並且整合了各種來源的系統發育和分類學知識，PS發表的文獻、提交的核酸序列或蛋白序列等相關信息。使用該資料庫，不僅可以得到這些信息，也能夠了解物種在分類學上的詳細地位。

那麼如何使用Taxonomy資料庫呢？

首先，通過https://www.ncbi.nlm.nih.gov/taxonomy/進入Taxonomy資料庫，如下：

以番茄為例，我們可以在搜索框里輸入其英文名tomato或拉丁學名Lycopersicon esculentum Mill..，得到如下結果：

點擊尖頭部分，

其中，Lineage部分就是該物種的詳細分類信息。

點擊Solanum lycopersium(tomato)可以得到該物種更多的一些信息，詳見下圖右半部分的表格里統計的相關信息，比如核苷酸Nucleotide、蛋白Protein、基因Gene、組裝Assembly、Pubmed Central等等。

以Nucleotide為例，可發現該資料庫中收錄了番茄的78,690條核苷酸序列，

關於組裝assembly情況，我們可以發現該資料庫中收錄了該物種的8個組裝版本具體情況。

我們可以得到任意一個組裝版本的具體信息，比如組裝情況統計，

甚至還可以得到每一條染色體的具體組裝信息。

當然除了以上介紹的相關信息外，該資料庫還有很多其它的信息，比如可以查到該物種已發表的文獻情況、structure、clone DB等等。

是不是已經了解該資料庫的強大呢？實際上該資料庫是一個寶庫，裡面有更多的信息等著您慢慢來挖掘呢。

當然，擁有強大的資料庫同時，還需要專業的生物信息分析高手才能給數據分析最完美的展示，微分基因生物信息團隊，是由美國愛荷華州立大學的遺傳學博士、美國孟山都分子育種基因分析科學家傅延博士和德國國賓根大學、世界首例利用大規模分析基因組手段篩選植物病原體相關小分子受體研究方法的樊立博士帶領從事NGS行業經驗豐富的分析團隊組成，微分基因是一家專註於高通量測序技術的創新型企業，提供高通量測序一站式整體解決方案。歡迎和我們洽談！！

微分基因為國家大基因中心「基因檢測平台」運營方，專註於高通量測序技術，公司憑藉國際領先的高通量測序平台，依託獨具優勢的高通量基因測序和大數據挖掘技術，為各大高校、醫院、科研單位以及第三方健康管理服務平台，提供專業的基因檢測和數據分析解讀服務。2017年，微分基因在國家大基因中心建成2133平方米的潔凈分子生物實驗室，公司科研團隊匯聚了一批國內外優秀的基因組學實驗和生物信息分析研究人員。

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