重大突破，首次獲得高解析度的高等猿基因組序列

iNature

迄今為止產生的大多數非人靈長類動物基因組由於它們之間的許多空白和對參考人類基因組引導的依賴而被「人源化」。2018年6月8日，美國華盛頓大學Eichler研究組在Science在線發表題為」High-resolution comparative analysis of great ape genomes「的研究論文，該論文生成並組裝長閱讀測序的黑猩猩，猩猩和兩個人的基因組，並將它們與先前產生的大猩猩基因組進行比較。 該分析確認了特定於人類和特定猿譜系的基因組結構變異。 人類和黑猩猩大腦類器官之間的比較顯示，相對於黑猩猩而言，人類中特定基因的表達下調，與本分析中確定的非編碼變異有關。

研究人員使用高覆蓋率（> 65x）單分子，實時（SMRT）長讀測序技術對兩個人類，一個黑猩猩和一個猩猩基因組進行測序和組裝。另外還對來自誘導多能幹細胞的超過500,000個全長互補DNA樣品進行了測序，以構建de novo基因模型，增加了我們對每個猿譜系轉錄物多樣性的了解。新的非人類猿基因組改善了基因注釋和基因組鄰接性（30至500倍），與早期的裝配相比，導致識別較大的同線性區段（22至74倍）。包括最新的大猩猩基因組，現在估計可以在多序列比對中比較83％的猿基因組。

與先前的基因組分析相比，研究人員觀察到單核苷酸變異分歧的適度增加，並且估計36％的人類常染色體DNA受到不完全譜系分選。研究人員完全解決了最常見的重複差異，包括全長反轉錄轉座子，如非洲猿特異性內源逆轉錄病毒元件PtERV1。研究人員還表明，這種元素在大猩猩和黑猩猩血統中的獨立傳播很可能是由於不完整的譜系分選而未能分離到人類譜系的創始人元件造成的。

改良的猿基因組組裝提供了迄今為止中等規模結構變異的最全面的視圖，並突出了幾十個與人類和黑猩猩之間的結構變異和大腦表達差異相關的基因。 這些新的參考基因組將為人類參考基因組的質量，完成偉大的猿基因組奠定基礎，並最終理解造成我們人類的基因差異。

http://science.sciencemag.org/content/360/6393/eaar6343.full

內容為【iNature】公眾號原創，歡迎轉載

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