微生物所參與國際大型人體菌群的宿主基因定位研究

腸道微生物的相關研究是近幾年有關微生物研究中最為火熱的領域之一。多數腸道微生物的研究是關於腸道微生物與各種疾病之間關聯的，其中部分研究揭示了腸道微生物在疾病發展中的作用。但將環境因素考慮其中後，這些研究就仍會遺留很多還無法解釋的問題。特別是在考慮到宿主的基因型作用之後，將會有很多問題。之前4篇GWAS的研究揭示了基因型與腸道微生物之間的關係，但縱觀這幾篇研究也只有SLIT3這一個SNPs位點出現在其中的三篇研究之中，甚至還有報道的同一個位點在不同的研究中是相悖的情況發生。不同研究之間的不協調之處可以通過加大樣本數據量，從而提高統計效率，減小假陽性來部分規避。這便是多隊列交叉分析能得到的好處之一，其次便是這種多隊列的分析可以打破存在於特定人群數據的統計及技術誤差。

基於以上因素，作者決定發起名為MiBioGen的大型研究計劃，該計劃包括來自於全球不同國家研究組的18個隊列，共計約1.9萬名參與者。

該計劃的主要研究目標是探索人體基因對人類腸道微生物的影響。為了實現這一目標該計劃的組建者們建立了統一的數據分析流程。主要包括以下4個分析方向：

（1）腸道微生物數據處理流程

（2）基因型處理流程

（3）GWAS分析流程

（4）宏數據分析

該計劃的統一分析流程均可在以下網頁中找到：https://github.com/alexa-kur/miQTL_cookbook。

此處將簡單介紹下這一分析流程的相關方面。基於16S rRNA的數據分析進行GWAS微生物丰度分析，包括四個主要步驟（加粗部分）：

1、處理16S數據

2、處理SNP微陣列數據

3、建立關聯研究基準

4、對所有分類群進行關聯性研究

5、在alpha多樣性上運行GWAS

6、獲取賬戶並上傳數據

7、進行宏數據分析

每個參與組將自行執行從1到3的步驟。第4步將集中在UMCG（格羅寧根）進行分析。本流程中的所有代碼腳本都可以自主本地執行。

以上內容為中國科學院微生物研究所王軍研究員為第一及通訊作者發表在Microbiome上，題為「Meta-analysis of human genomemicrobiome association studies: the MiBioGen consortium initiative」

該研究計劃為開放性的，歡迎更多研究者的加入（只需與文中任意一位通訊作者聯繫即可）。

中國生物技術網誠邀生物領域科學家在我們的平台上，發表和介紹國內外原創的科研成果。

本公眾號由中國科學院微生物研究所信息中心承辦

微信公眾號：中國生物技術網

喜歡這篇文章嗎？立刻分享出去讓更多人知道吧！