微生物基因組重測序產品
微生物基因組重測序是指基於高通量測序數據，與近緣參考基因組進行比對，進行變異檢測的方法。通過重測序可以獲得目標基因組對於參考基因組的SNP、InDel、SV等一系列變異信息，從中嘗試對基因組之間的性狀差異進行解析，或作為標記進行大規模的進化分析。
微生物基因組重測序可以在個體或群體水平更全面地挖掘基因序列差異和結構變異, 在全基因組水平上掃描並檢測與表型差異、疾病、進化等相關的變異信息。該研究現今廣泛應用於微生物分類與監督、疾病篩查和治療、群體進化研究以及基因工程等眾多領域，取得了一系列的研究成果，成為微生物研究中最常用的手段之一。
微生物基因組重測序產品的研究策略主要分為測序實驗和數據分析兩部分。
首先對研究菌株進行DNA提取，待質檢合格後進行建庫和上機測序。協雲基因在質檢合格後構建350bp插入片段文庫，並以Hiseq PE150策略進行二代高通量測序（圖1）。
由於個性化需求不同，實驗周期也各不相同。協雲基因從核酸樣品質檢結果出發、進行高通量測序及數據分析，一般周期為20到25個工作日（表1）。
圖2 數據分析流程
簡單來說，微生物基因組重測序產品分析步驟主要為以下三大步驟：
? 對下機數據進行質控、去接頭等數據處理，獲得clean data;
? 將clean data和參考基因組進行mapping，獲得比對信息；
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