Varscan檢測de novo mutation

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de novo mutation 是屬於生殖細胞突變中的一類突變，指的是在一個家系中，第一次出現的突變。這個突變在父本中是沒有的，只是在子代中第一次出現。

在varscan中，專門有一個子命令, 用來分析de novo突變。需要3個bam文件，分別對應faher, mother, child，同時還需要參考基因組的fasta序列。用法如下

第一步：生成mpileup 文件

第二步，鑒定de novo 突變

varscan首先會使用和子命令相同的演算法分析3個樣本中的生殖細胞變異位點，然後會根據子代和父本的分型結果，篩選出不符合孟德爾遺傳規律的突變位點，即子代的allel不可能通過父代遺傳得到的突變位點，這些位點也稱為 Mendelian Inheritance Errors位點，簡寫為MIE, 對這些的位點的分型結果進行校正，校正過後，如果確實為MIE, 就繼續標記為MIE, 如果為一個de novo突變，就標記為de novo突變。

這條命令運行成功之後，會產生如下兩個輸出文件

分別對應snp和indel兩種變異類型的結果，在輸出的VCF文件中，如果一個突變位點為MIE, 對應的FILTER欄位會標記為，否則標記為;如果一個突變位點為de novo 突變，對應的INFO欄位會標記DENOVO。

需要注意的是，直接分析得到的de novo突變中，還是會存在部分假陽性的位點，需要做進一步的過濾。

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