專訪桐樹生物張素芬：創新型NGS文庫製備試劑盒是如何問世的？

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乾貨 | 靠譜 | 實用

近日，桐樹生物自主研發生產的基於MULI-SEQ技術的工業級產品「目標序列測序文庫製備通用試劑盒（半導體測序法）」順利獲得食品藥品監督管理局頒發的醫療器械產品證書。轉化醫學網專訪了桐樹生物研發負責人張素芬，請她來談一談這款試劑盒的獲批之道。

NGS測序在全球測序市場上佔有著絕對的優勢位置，與Sanger測序相比，具有通量高，單鹼基成本低的優勢，被研究者沿用至今。而新一代測序（NGS）文庫製備是一體化測序流程中的一個關鍵因素。文庫製備可支持各種通量需求，從適合於小型實驗室的低通量產品，到適合於大型實驗室或基因組中心的完全自動化文庫製備工作站。

近年來，靶向測序、全外顯子測序、全基因組測序等是NGS領域的主要檢測內容，其中靶向測序佔有的市場份額最大，增長率最高。因此，解決靶向測序的技術難點，能夠促進整個行業的快速發展。該款試劑盒恰恰能夠解決行業痛點。

文庫目標區域覆蓋率95%以上

據悉，這款試劑盒主要是用來進行NGS測序前目標區域片段的文庫構建，與Ion torrent平台測序儀器聯合使用，能夠完成目標片段文庫的測序。該技術可以對不同數量的引物進行建庫，科研人員可以根據自己的需求，選擇任意大小的目標區域進行富集，建庫和測序。其獨有的序列捕獲反應液能夠保證不同數量的引物對之間的富集同步進行，並且保證特異性富集的效率。高效的消化酶，不僅保證建庫過程中的所有DNA片段上面的引物能夠被切除，同時為後續的連接反應做好準備，促進連接過程的連接效率；連接過程中使用具有強促進作用的連接促進劑，保證接頭的較高連接效率；高保真反應液，減少文庫的富集偏差，有利於測序的順利進行。張素芬在採訪中介紹道：「文庫的目標區域覆蓋率和文庫的均一性可以達到95%以上，即使在投入量極低的情況下，也能夠保證目標片段構建文庫的質量。」

目前，基於AMPLICON擴增子或者探針捕獲法的建庫試劑盒，其DNA投入量通常要求至少高於20ng。但由於FFPE抽提獲得的DNA質量較差，導致文庫的構建成功率不高。該款試劑盒主要應用在Ion torrent 測序平台上，適用於所有的FFPE樣本。當FFPE的樣本量大於1ng就可以進行擴增子建庫。其應用範圍比較廣泛，不僅可以應用於腫瘤，遺傳病等突變、插入、缺失、拷貝數變異等形式的變異分析，也適用於穿刺、胸水等珍貴樣本的建庫和測序，在保證建庫和測序質量的同時，大大節省樣本的消耗。適用於寬範圍的臨床樣本使用，能夠最大程度地為臨床檢測提供幫助。桐樹生物具有完善的研發團隊，研發平台涵蓋了qPCR、NGS、Sanger測序等不同領域的多種產品。這款試劑盒的獲批，肯定了研發人員的研發水平和研發思路，同時，也體現了桐樹生物在二代測序領域的先進水平。

桐樹生物研發的這款試劑盒突破了常規建庫試劑盒所需DNA的極量，能夠滿足所有致力於進行靶向研究的科研人員研究需要。解決了珍貴樣本量少，樣本DNA質量較差等問題，使高通量測序能夠即時進行，為NGS科研事業的穩定發展提供保障。

定位腫瘤精準醫療

上海桐樹生物科技有限公司專註於腫瘤精準醫療領域，致力於為腫瘤患者提供最實用、最可靠的個體化治療臨床檢測服務。公司總部位於上海寶山科技創新園，在常州、廣州等地設立有分公司和醫學臨檢中心。上海桐樹生物科技擁有高通量測序(NGS)、實時熒光定量PCR、免疫組化（IHC）、熒光原位雜交（FISH）等500多項分子病理檢測項目，全面滿足臨床不同需求，檢測項目網路現已覆蓋全國五大區域200多家核心醫院。

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