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重現50篇高水平癌症論文的計劃縮減至18篇

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五年前,科學家們啟動了一個雄心勃勃的項目,計劃將50篇具有影響力的癌症生物學論文中的實驗複製。但遺憾的是,該計劃的數字正在逐漸縮減,現在預計盡完成其中18項研究。

美國弗吉尼亞州Charlottesville開放科學中心的生物學家Tim Errington說:「我希望我們能做得更多,但是直到我們著手做這個項目的時候,才發現其中很多問題非常具有挑戰性。」

這個項目名為「再現計劃:癌症生物學(簡稱RP:CP)」,於2013年10月啟動。這是一個測試實驗可再現性的開放研究,起因是兩家藥物公司報告稱它們無法將很多癌症研究的成果再現。這項研究的合作方之一是位於美國加州Palo Alto的Science Exchange公司。該公司找到了委託實驗室來重現論文中的一些關鍵實驗。Laura和John Arnold基金會資助了130萬美元,相當於每項研究有2.5萬美元的經費。實驗預計花費一年時間。

該項目很快引起了論文原作者的批評,他們擔心這些複製性研究將不可避免地失敗,因為委託實驗室缺少重現這些實驗的專業能力。

隨著花費的增加和項目的延期,這個項目的組織者們意識到他們需要從原作者那裡獲取更多的信息和材料,他們還決定讓這些重現實驗接受同行評議,而這又增加了時間。在2015年末,組織者們將論文數量削減到37篇。2017年時,再次削減到29篇。在過去的幾個月中,他們決定停止對正在進行的11項研究複製。(Science Exchange公司的主席Elizabeth Iorns說,這18項研究平均每項需要花費6萬美元,其中包括兩個花費異常高的項目。)

Errington說,削減這些研究數量的原因之一是,需要花費太長的時間來解決問題和優化實驗才能得到有意義的結果。比如,確定適用於實驗的細胞密度需要測試一系列細胞密度。儘管這些事情在實驗室中很正常,但是如果原論文中包含這方面的方法論詳細細節,那麼這個過程就會快得多。這個項目還花費了大量的時間來獲取或重新製備試劑,比如細胞系和質粒(插入細胞中的DNA),這些試劑是原始實驗室無法獲得的。

從這項研究中獲取的教訓之一:公開更多的研究記錄細節,並能直接從原實驗室免費獲取材料,或者得到類似Addgene的服務,可以加快科學家們重現他人研究工作的進度。Errington說:「溝通和分享是我們可以更容易實現目標的方法。」 Iorns補充說,另一個問題在於,學術界的實驗室很少驗證他們的論文,這使得我們很難確定陽性結果是正確的還是錯誤的。

對這18項研究的重現已經有10項發表在《eLife》上。研究結果各不相同,其中5項實驗大部分可重現,3項實驗結果不確定,還有2項實驗得到了負面結果,但是最初的研究成果已經得到了其他實驗室的確認。事實上,正如RP:CB的批評者所指出,最初計劃重現的這50篇論文中的大部分都已經被其他的研究團隊證實過。

RP:CB的團隊正在詳細描撰寫剩餘8項已完成的研究,以及該項目的元分析和總結。其餘11項未完成的研究也將以簡短的形式發表。Errington說,這些研究雖然不如完成的重現實驗,但也是具有很多價值的。

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