基因測序可確定傳染病來源，有助於減少艾滋病毒傳播

利用基因測序來了解病原體之間的進化關係，一個國際研究團隊 - 包括來自紐約大學藥物使用和HIV / HCV研究中心（CDUHR）的幾個研究人員 - 開發了一種確定干預效果的新方法。反對艾滋病等傳染病的傳播。

發表在「 美國流行病學雜誌」上的這項研究描述了新方法如何確定疾病的來源，以及它在社區中的傳播是否可以追溯到已經或不是干預的個體。

在過去十年中，我們對病原體如何傳播的理解有所改善，但預防傳染病的傳播仍然是一個挑戰。由於國際旅行的便利性以及居住在人口稠密地區的人們，病原體的引入和傳播現在比以往任何時候都更容易發生。

「鑒於全球化和其他社會現象，控制傳染病的傳播是公共衛生的當務之急，」該研究的主要作者，希臘雅典國立和卡波迪斯特拉大學的Gkikas Magiorkinis說。

對於科學家和公共衛生從業者來說，很難確定干預措施 - 例如針頭交換計劃或抗逆轉錄病毒療法治療 - 是否真的有效減少社區的疾病傳播。評估可以減輕病原體傳播的干預措施的有效性是昂貴的，並且在許多情況下是不切實際的。

重要的是，大多數評估僅衡量直接參与干預的人，但忽視社區效應，或干預的能力，以最大限度地減少直接參与其他社區成員的疾病傳播。

「我們的研究旨在了解干預是否具有社區效應，並且不僅可以減少被招募個體的疾病傳播，還可以減少其風險網路中的聯繫，」傳染病研究所所長Samuel R. Friedman說。國家發展研究院（NDRI），CDUHR的副主任和高級理論師，以及該研究的資深作者。

為了更好地衡量干預的社區效應，研究小組開發了一種評估干預措施以減少HIV傳播的新方法。為了檢查病毒從已經感染的人傳播到新感染者，研究人員利用系統發育學或生物體之間的進化關係來了解HIV的進化動態。

該方法涉及從三組人群中採集血液樣本：參與干預研究的艾滋病毒感染者，不參與干預的艾滋病毒感染者（對照組），以及 - 以後的個人新感染艾滋病毒。

進行HIV的基因測序，然後他們可以比較病毒的特徵，以確定傳播的來源，以及新感染是否可以與參與或未參與干預的個體相關聯。

「由於傳統方法無法將感染追溯到源頭，我們對如何最好地減少社區內HIV傳播的理解存在重大差距。這種新方法使我們能夠量化社區內的傳播流量。 ，評估干預是否減少與對照條件相比的新傳播，從而估計由於干預導致的社區新感染的相對減少，「Magiorkinis說。

研究人員通過模擬干預措施來預防注射吸毒者的HIV傳播，從而提供概念證明。比較那些參與干預的HIV患者的傳播情況，他們計算出干預中感染艾滋病病毒的人數減少，這表明模擬干預減少了疾病的傳播。

研究人員指出，他們的方法的一個關鍵優勢是，它可以評估干預的更廣泛的社區效應，而無需跟進研究參與者。一次性採集血液樣本比長期跟蹤參與者要容易得多，特別是在後續行動面臨挑戰的社區，例如注射毒品的人群。此外，該方法可用於評估干預措施，以減少艾滋病毒以外的其他傳染病的傳播。

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