如何正確預測基因的保守結構域！

搜索鑒定基因的保守結構域，應該用專門搜索基因的保守結構域工具CD-search，而不是簡單的用blast搜索注釋。快速找到這個基因上的保守結構域，對研究基因的功能是非常重要的，因為行駛相同相近功能的基因往往具有相同的保守結構域！下面是介紹使用方法：

1.CDD入口：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/cdd/，該工具為NCBI提供的，NCBI主頁選項口選擇進入Conserved Domain然後點擊Search。

然後選擇CD-search（單個基因），或者Batch CD-Search（多個基因）。

2.預測單條序列的保守結構域，點擊CD-search進入：

粘貼基因的蛋白序列，或者是核酸序列都可以，注意為fasta序列，如果你知道基因的GI或Accession號，也可以直接數據這些ID就可以查詢，右方OPTIONS中選擇要搜索的資料庫，Expect Value等，或者使用默認設置，然後按「提交」按鈕。就可以搜索了；

3.結果查看，默認為concise 簡潔顯示，可以選擇full result顯示全部內容：

搜索匹配結果，有特定匹配（specific hits），非特定匹配(non-specific hits)，這些匹配所屬的超家族(superfamily)，我們發現這個基因特定匹配在dnak，屬於HSP70超級家族；

4.批量提交序列搜索保守結構域，Batch CD-Search，如下：：

可選擇直接粘貼多序列的fasta格式文件，或者提交fasta格式的文件，然後選擇資料庫，如果數據較大搜索時間很久，可填寫email，搜索完成之後會發郵寄，最後點擊submit提交就可以搜索了：

5.批量搜索結果展示：

批量搜索結果如下，只展示部分結果，詳細結果可點擊download進行下載，或者點擊Browse results 進行詳細的可視化瀏覽；

表格結果說明如下：

6.批量搜索結果，可視化瀏覽界面：

可以選中，然後瀏覽，下載等：

參考文獻：

Marchler-Bauer A et al. (2017), "CDD/SPARCLE: functional classification of proteins via subfamily domain architectures.", Nucleic Acids Res.45(D)200-3.

Marchler-Bauer A et al. (2015), "CDD: NCBI"s conserved domain database.", Nucleic Acids Res.43(D)222-6.

Marchler-Bauer A et al. (2011), "CDD: a Conserved Domain Database for the functional annotation of proteins.", Nucleic Acids Res.39(D)225-9.

Marchler-Bauer A, Bryant SH (2004), "CD-Search: protein domain annotations on the fly.", Nucleic Acids Res.32(W)327-331.

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