剛剛達成東西統一的蒙古帝國也因也先之死再次陷入混亂。

大部分瓦剌部族都投入到阿剌知院的旗下，而堅持以黃金家族為正統的蒙古一方則捧出一位新汗——馬可古兒吉思，汗號是烏珂克圖汗，他是也先的姐夫脫脫不花的幼子，在被擁立為大汗的時候僅有7歲，故此明人又將他稱為「小王子」。也是因為他的原因，明代人後來在習慣上又將後來的達延汗也稱為「小王子」，將蒙古稱為「小王子部」。蒙古方面在擁立馬可古兒吉思之後，開始針對瓦剌進行了了反擊。

烏珂克圖汗

就在也先被阿剌知院殺死3個月之後的景泰五年（1454）八月，蒙古的孛羅平章借口阿剌知院以臣弒君，率軍與阿剌知院有過一場交戰，阿剌知院敗走。次年，阿剌知院又聚集3萬人馬與奉馬可古兒吉思汗為主的4萬蒙古騎兵，在一個叫作坎坎的地方對峙。後來阿剌知院因兵少不敵，大敗而歸，至明景泰七（1456）年，據報阿剌知院被自己的部下所殺。

綽羅斯家族世系

正當衛拉特諸部處於坐困愁城之時，一位救星回來了，他便是奉也先之命西征、攻略中亞的太師阿失帖木兒（也作斡失帖木兒）。

天順七年（1463），阿失帖木兒從中亞返回蒙古，帶回了經略西方的精銳之師，從而迅速改變了東西蒙古的力量對比，衛拉特諸部迅速團結在他的麾下，重新崛起。

阿失帖木兒回來的第二年，汗廷孛羅太師率眾出征瓦剌，迎頭遭到瓦剌的抗擊，慘敗而歸。這一仗，不僅使得孛羅損失慘重，也讓汗廷的內訌進一步發展。因為此役讓孛來「稍衰」，另一位太師毛里孩便趁機將其襲殺，而此時烏珂克圖汗正在孛羅營中，結果玉石俱焚。

摩倫汗

舊「牌位」不小心弄壞了，只好找個新的，太師毛里孩與少師阿羅出另立脫脫不花的另一個兒子脫古思蒙克為汗，汗號「摩倫汗」。可僅一年後，摩倫汗就因為小人挑唆與毛里孩發生爭執，被毛里孩所殺。之後，齊王孛羅乃、少師阿羅出聯合兀良哈三衛以為大汗報仇為名進攻毛里孩，雙方鏖戰5年之久，到成化五年（1469），毛里孩終於兵敗，被齊王孛羅乃襲殺。

在汗廷內鬥不已的時候，阿失帖木兒頻頻發兵東征，成化元年（1465）將汗廷勢力全部逐出漠北草原。成化五年（1469）又擊敗欲圖收復漠北的齊王孛羅乃，使之逃往遼東後不知所終，並趁勢滲透到遼東一帶，降服了兀良哈三衛。東蒙古各部雖然沒有如脫歡、也先時代被完全征服，但也狼狽不堪，紛紛撤入漠南草原，甚至爭相到河套「恃黃河以為險」，「懼瓦剌阿失帖木兒，與之仇殺，不敢渡河而北」。

阿失帖木兒不愧為一代英雄，從中亞回到蒙古，短短6年時間，便恢復了除漠南之外也先時代的疆土，東據草漠北草原，西有天山北麓，北起林木中百姓故地，南至哈密北山。這時的東蒙古各部只有招架之功，毫無還手之力，連明朝的史籍中也記載：「成化間，大抵瓦剌為強，小王子次之」。

滿都海徹臣夫人

阿失帖木兒去世後，其子克舍繼其位。成化十五年（1479），年僅7歲的達延汗（也先女兒的孫子）繼汗位，其妻滿都海徹臣夫人（結婚時33歲）於成化十六年（1480）征討瓦剌，大勝，瓦剌承認達延汗為大汗。克舍於成化二十二年（1486）病逝，其子阿沙繼太師之位，瓦剌愈加衰微。

達延汗 巴圖孟克

達延汗親政後，瓦剌在達延汗和東察合台汗國的攻擊之下，漸漸抵受不住，只好一路西遷。雖然此後瓦剌在西北仍然活躍，是西北一直不可忽視的重要力量，但它在中文史料中已經開始淡出我們的視野。以後我們再看到瓦剌，基本就是在明末至清代出現的所謂「衛拉特」了。

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