學校開除一學生，氣得全校學生退學另辦一所，如今成985重點大學
晚清時期的社會發生巨大的震蕩，部分官僚為了拯救舊體制，開始了如火如荼的洋務運動，雖然最後以失敗收場，但其近代化的思想無疑會對當時的先進知識分子產生一定的影響，馬相伯是其中之一，在從官期間多次上書提倡科學，實業無果之後，決心辭官並意識到強國之路重在教育，他也聽從自己的內心將自己的人生奉獻給了教育事業。
1902年，南洋公學因郭鎮瀛的「墨水瓶事件」要開除一個學生，最後導致全校大量的學生氣憤退學，當時擔任班主任的蔡元培也憤然辭職，跟著學生一起離開了學校，為了學生可以繼續學業，蔡元培為學生們四處奔波。最後，他介紹了學生向馬相伯請求建立新式學校，馬相伯接受了他們的請求。
1903年，在法國天主教耶穌會的資助下，馬相伯在徐家匯創辦了震旦學院。與南洋公學以中國經史為主要教學內容相比，震旦學院在開課之初便設的是文學與質學（科學），並在後來幾年內發展到了數學和哲學等領域，它們一個是封建教條下的死板說教，一個是新思想下的科學傳播；一個散發著舊制度的死氣沉沉，一個表現著新體制的欣欣向榮。並且值得一提的是，震旦學院是中國近代第一所私立大學，馬相伯用自己的力量為近代中國創造出了一顆璀璨耀眼的明星。
雖然震旦學院取得了耀眼的成績但依舊沒有一帆風順的命運。1905年，法國天主教耶穌會企圖干涉震旦學院為自己所用，把它變成教會學校，學生髮現他們的意圖之後，倍感憤怒，全校學生選擇退學，馬相伯知道後便堅決地站在了學生這一邊，並率領老師們帶著全校學生離開了他一手創辦的震旦學院，重新創辦了一所「復旦公學」。
同年六月份，教會在《時報》繼續以震旦學院的名義發布招生廣告。馬相伯在知道了這則廣告之後便在同一天在同一家報紙上登上了更正性的文章表示與原震旦學院已經沒有關係，並且首次以復旦公學的名義進行招生。1905年9月，復旦公學正式開學，馬相伯擔任學校的校長。1917年，復旦公學改名為復旦大學，而復旦大學經過多年的發展到現在已經成為了中國頂尖大學。
創辦復旦大學的馬相伯於1939年去世，享年100歲。他在病重時依然心懷國家，他說:「我只是一條狗，叫了一百年，也沒能把中國叫醒。」如此滄桑而無奈的言語就如同平靜湖面上的層層漣漪，一遍又一遍地觸動心靈。
