幽門螺桿菌的根除方案，早已經進行了更新。但是再臨床中，因為某些醫生對相關醫學進展不了解，仍使用過時的三聯療法以及細菌已普遍產生耐藥性的抗菌藥物。

更有甚者竟然使用未經驗證的抗菌葯、靜脈使用廣譜抗菌葯、延長療程到一個月甚至數個月！

由於細菌耐藥性的增加，自從 2012 年後，已經廢棄了既往的三聯用藥、療程 7 天的方案。改為四聯用藥，療程延長至 10～14 天。

四聯用藥是指聯合使用四種藥物，其中一種為抑酸藥物，一種鉍劑，以及二種抗菌葯。

所使用的二種抗菌藥物至少應包含阿莫西林、四環素及呋喃唑酮這三種耐葯率低的藥物之一。

推薦的組合為：阿莫西林+克拉黴素，阿莫西林+左氧氟沙星，阿莫西林+呋喃唑酮，四環素+甲硝唑或呋喃唑酮。

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