《EVA》是一部多線並行，敘事強度非常高的作品。即使拋開所有對其文化符號和象徵意義的解讀，單看故事本身，仍然有一大堆盤根錯節的暗線在牽扯著每個人物。是當之無愧的神作。

故事的主線是「人類補完計劃」，計劃的執行部門NERV的司令碇源渡，跟他的上級領導SEELE對計劃的態度並不一致。SEELE是打算在約定之日，用處刑莉莉絲的方式，來讓所有人類的靈魂回歸本源。而碇源渡的計劃是，讓亞當和莉莉絲融合，以再次見到自己的老婆唯。

由「人類補完」計劃引出了以下的故事線：

碇源渡與SEELE

碇源渡往SEELE安排了加持良治當間諜，加持良治又被以間諜的身份派回了碇源渡身邊。加持良治也趁此機會，將胚胎化的亞當帶給了碇源渡。這一手雙重間諜把SEELE玩的一愣一愣的。

然而SEELE這邊也會見招拆招，先丟給NERV使徒化的三號機這個燙手的山芋，又派渚薰潛入NERV基地內部，最後甚至聯合人類部隊清繳了NERV本部。

所以整個《EVA》都是圍繞著碇源渡與SEELE之間的相互利用和明爭暗鬥展開的。

與使徒戰鬥

當然，在早期碇源渡並沒有將他的野心表露出來，因為在「打使徒」的方面，兩個勢力的目標是一致的。打使徒並不是為了保護人類。

只有擊敗所有的使徒，「死海文書」預言的約定之日才會到來。與使徒戰鬥的劇情貫穿始終，佔用了大量篇幅，這也是多數觀眾都能看懂的表面現象。

（其實每個使徒都有自己的象徵意義，不過這部分與劇情無關，先不展開了）

初號機的覺醒

初號機是整個故事中最重要的一個「道具」，它的意義不僅是用來對抗使徒。初號機由莉莉絲複製而來，是「備用的莉莉絲」。

對於SEELE而言，當約定之日到來時，若無法對莉莉絲處刑，則會用初號機來執行這一儀式。實際上《air真心為你》中，SEELE抓走初號機就是這個目的。

對於碇源渡來說，初號機不僅是備用莉莉絲，也是他計劃中對抗SEELE的最有效戰力。他煞費苦心的把兒子找過來，等的就是初號機覺醒的那一刻。在初號機吞噬了力天使，獲得了S2機關的時候，故事已經完全按照老碇的劇本來演了。要是初號機沒有提前覺醒，NERV都不一定能活過渚薰的入侵。

碇源渡的計劃

碇源渡為了自己重新見到唯，制定了相當周密的計劃。既然想讓莉莉絲與亞當融合，就要先掌控他們。胚胎化的亞當倒是好說，重點在於如何控制莉莉絲。

所以碇源渡選擇了用克隆出來的碇唯，作為莉莉絲靈魂的容器，綾波麗也就由此而來。碇源渡在跟她相處的過程中，漸漸的成為了綾波麗心中不可替代的人。綾波麗的意志就是莉莉絲的意志，按計劃融合後的莉莉絲將遵從碇源渡，來完成他的願望。

可惜碇源渡萬萬沒想到，自己千辛萬苦指定的周密計劃卻出現了缺口，他竟然被自己的兒子坑了。綾波麗在與碇真嗣的相處中漸漸覺醒了「自我意識」，並且選擇遵從碇真嗣。

不過碇真嗣在最後的決定竟然還是讓人類消失，「人類補完計劃」也就這樣歪打正著的完成了，老碇也如願以償見到了碇唯。

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