我科學家成功破譯凡納濱對蝦基因組

成果展示台

科技日報青島1月22日電 （記者王建高 通訊員王敏）中國科學院海洋研究所研究員相建海和李富花課題研究組主導，與國內外多家單位共同合作，歷時十年成功破譯了凡納濱對蝦基因組，獲得了世界上首個高質量的對蝦基因組參考圖譜，研究成果1月21日在《自然·通訊》在線發表，為甲殼動物研究及對蝦基因組育種和分子改良提供了重要理論支撐。

甲殼動物和昆蟲是節肢動物門中的兩大門類，已有超過6萬種甲殼動物被報道。十足目甲殼動物囊括了大量重要的水產經濟物種，如蝦、蟹、龍蝦等，而凡納濱對蝦作為四大養殖蝦類之首，其年產量達416萬噸，具有非常重要的經濟價值。然而，由於種質資源匱乏，我國對蝦養殖單位每年需從國外引進大量親蝦。我國自主的對蝦分子遺傳育種工作迫在眉睫，但是受限於沒有良好的參考基因組，其進展一直相對緩慢。

對蝦基因組是世界上公認的高複雜基因組，阻礙了多個國際科研機構的研究步伐。在該研究中，科研人員嘗試了從一代到三代的各種測序平台以及各種組裝軟體，最終完成了凡納濱對蝦的全基因組de novo測序和組裝，獲得的參考圖譜Scaffold N50達到606Kb。通過分析發現，以1-6鹼基為單位多次重複的簡單串聯序列（SSR）占對蝦基因組的23.93%以上，是目前已測基因組物種中含量最高的，這也是對蝦基因組高複雜性的根本原因，並推測SSR的爆發與對蝦祖先適應性進化過程有關。在對蝦基因組上還發現了兩大結構特徵：大量的物種特異性基因和大量的串聯重複基因，可能與對蝦科的特異性進化有密切聯繫。

據介紹，本研究還對22個野生和養殖的凡納濱對蝦個體進行了重測序，獲得了大量的SNP分子標記，為對蝦的遺傳育種工作提供了寶貴的資源。

（來源：《自然·通訊》）

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