能自動進行病毒宏基因組分類的應用程序！

近日，美國俄亥俄州立大學的研究人員使用基因共享網路構建了一個應用程序(vConTACT v.2.0)來自動對病毒進行分類，論文刊登於Nature biotechnology雜誌。它有一個新的集群演算法、集群的置信度評分和網路分析，它們一起實現了自動化，改進了病毒分類分配，並可擴展到更大的數據集。

每一種環境中的微生物都含有大量未培養的古生菌和細菌病毒，但由於缺乏一個通用的、可擴展的分類框架，對這些病毒的研究受到了阻礙。

研究人員在論文中介紹了vConTACT v.2.0，它是一個基於網路的應用程序，利用全基因組基因共享配置文件進行病毒分類，集成了基於距離的分級聚類和所有分類預測的置信度分數。該研究報告了現有屬水平的幾乎相同(96%)的病毒分類任務的複製。研究人員應用vConTACT v.2.0於1，364種以前未分類的病毒作為參考基因組，對1，364種病毒中的820種進行了自動的、高度可信的屬鑒定。研究人員還用該程序分析了15，280個全球海洋病毒基因組片段，並對其中31%的數據進行了分類分配，表明他們的演算法可以擴展到非常大的宏基因組數據集。

看上去像網路的病毒基因組分類

總之，此分類工具可以自動化，並為了分類的目的，可應用於來源於任何環境的病毒宏基因組。

閱讀地址：

本期編輯：烏龜

喜歡這篇文章嗎？立刻分享出去讓更多人知道吧！