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Abinit 安裝教程最新版

當前Abinit最新版本為8.10.3。作為一款功能非常齊全的DFT程序,雖然在效率和使用普及上不及商用的VASP程序,但也為廣大計算模擬的科研人員群體提供了一個不可多得的優秀的研究手段。

正所謂"工欲善其事必先利其器",在使用Abinit進行計算研究和學習前,我們首先要將該工具合理地安裝好,下面小編就將介紹如何在Linux上通過源碼編譯的方式安裝Abinit。

當然在一些Linux發行版上提供了Abinit的二進位版本可以直接進行安裝(文末有介紹)

第一步:獲取源碼

從官網下載源碼,可以通過瀏覽器下載,也可以通過wget、curl之類的工具下載。瀏覽器直接前往官網https://www.abinit.org/下載最新版本的源碼即可。

通過wget或者curl下載源碼:

wget --output-document=./abinit-8.10.3.tar.gz https://www.abinit.org/sites/default/files/packages/abinit-8.10.3.tar.gz

第二步:配置編譯

Abinit的源碼是通過GNU Autotools打包構建的,因此可以傳入參數給源碼根目錄的configure腳本來對程序的安裝進行定製化。一個最普通的串列版安裝配置命令是:

./configure

當然對於要使用並行計算的用戶來說需要制定使用對應的編譯器mpif90以及通過參數啟用mpi。

./configure FC=mpif90 --enable-mpi

另外還可以指定安裝路徑是否啟用openmp多線程等參數,這裡小編給出一個常用的配置:

./configure FC=mpif90 CC=mpicc CXX=mpicxx \

--prefix=$HOME/softwares/abinit/abinit_install \

--enalbe-mpi --enable-openmp --enable-mpi-io \

--enable-mpi-io=yes --enable-fallback --enable-linalg=yes \

--with-linalg-flavor="netlib"

第三步:編譯安裝

configure腳本運行後會生成makefile文件。此時只需執行make即可完成編譯,然後make install進行安裝。

$ make

$ make install

第四步:添加環境變數

要想在終端中任何路徑都能夠直接運行abinit程序,需要將編譯得到的二進位程序所在目錄添加到環境變數PATH中。在文件中加入以下內容:

export PATH=$PATH:/path/of/your/installation/bin

例如如果你執行configure腳本時指定了安裝在了~/softwares/abinit/abinit_install/目錄,那麼你的內容就是:

export PATH=$PATH:/home/xxx/softwares/abinit/abinit_install/bin

其中xxx是你的用戶名。

更多信息

Abinit目前提供了使用GPU運算的支持。要想編譯得到能夠支持GPU運算的Abinit可以進行一下編譯配置。

./configure FC=mpif90 CC=mpicc CXX=mpicxx\

--prefix=$HOME/softwares/abinit/abinit_install\

--enable-openmp --enable-mpi\

--enable-mpi-io=yes\

--enable-gpu\

--with-gpu-flavor="cuda-double"\

--with-gpu-libs="-lcuda -lcudart -lcublas -lcufft -lgomp -lrt -ldl -lstdc "\

--with-gpu-ldflags="-lcudart -lcublas -lcufft -lnvrtc -lnvToolsExt -lgomp -lrt -ldl -lstdc "\

NVCC=nvcc NVCC_CFLAGS="-arch sm_32"\

--enable-fallbacks=yes\

--enable-linalg=yes\

--with-linalg-flavor="netlib"

#--with-gpu-cflags="-DHAVE_GPU_CUDA -DHAVE_GPU_CUDA_DP"\

#--with-gpu-cppflags="-DHAVE_GPU_CUDA -DHAVE_GPU_CUDA_DP"\

#FCFLAGS="-DHAVE_GPU_CUDA -ffree-line-length-none"\

另外更多的編譯參數配置可以參考Abinit官網的安裝指南:https://docs.abinit.org/installation/

使用發行版上的包管理工具安裝Abinit

一些Linux發行版,比如Arch Linux就提供了安裝Abinit的簡單方式。在Arch Linux的用戶軟體源(AUR)中已經有人提供了abinit的PKGBUILD文件,讓你可以直接使用用戶軟體源管理工具,比如trizen來進行安裝。如下所示:

$ trizen -S --noconfirm abinit

不過這種方式安裝本質上也是在本地編譯,只不過是別人為你準備好了整個過程,並且你也不能對程序的編譯進行自定義的控制(其實也可以通過修改PKGBUILD文件實現)。所以推薦還是自行從源碼進行構建編譯安裝Abinit程序。

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