日本歷史上凌駕於日本天皇之上的實權機構——幕府
幕府是古代日本的中央政府機構，擁有實權，且一度凌駕於日本天皇之上，其最高權力者稱為」幕府將軍「，又稱」征夷大將軍「，此時的日本天皇幾乎形同虛設，是歷史上一個非常獨特的現象，在日本歷史上，前後出現了三個幕府，分別是鎌倉幕府，室町幕府，德川幕府。
一、鎌倉幕府
鎌倉幕府（1185年—1333年），是日本幕府政權的開始，建立者是武將源賴朝，他於日本平安時代末期，在其弟源義經的協助下，消滅了中央貴族實權派平氏，掌握國家實權，從此在貴族時代地位很低的武士登上了歷史舞台，他們崇尚以「忠君、節義、廉恥、勇武、堅忍」為核心的思想，結合儒學、佛教禪宗、神道，形成武士的精神支柱「武士道」，鎌倉幕府的建立標誌著日本天皇逐漸成為傀儡，幕府掌握國家實權。
鎌倉幕府建立初期，其統治並不完善，日本天皇仍然有實權，後鎌倉幕府逐漸把持朝政，日本天皇權力逐漸流失。1318年，後醍醐天皇即位，他決心廢除幕府，恢復皇室統治，先後多次策劃倒幕大計。1333年，後醍醐天皇在各地豪族，寺院，武士等協助下，還有原幕府家臣足利高氏（後醍醐天皇賜名足利尊氏）的倒戈，終於消滅了鎌倉幕府，至此，存在了一百四十多年的鎌倉幕府滅亡了，後醍醐天皇奪回實權，並實行改革，史稱」建武新政「。
二、室町幕府
室町幕府（1336年—1573年），建立者是足利尊氏，鎌倉幕府滅亡後，因後醍醐天皇的建武新政不能滿足在倒幕戰鬥中立了大功的武士，足利尊氏尤其不滿，於1336年起兵攻佔京都，立光明天皇為傀儡，在京都開設室町幕府，而後醍醐天皇則逃往京都以南的吉野，開設吉野朝廷，天皇掌握實權，自此形成日本歷史上的南北朝時代。
南北朝時代初期，後醍醐天皇的南朝，為實現皇權的統一，和代表北朝的足利尊氏之間進行了無數次的戰爭，但後醍醐天皇並未實現他的夢想就於1339年病逝了，南北朝之間仍然爭鬥不斷，最後在室町幕府第三代將軍足利義滿時統一了南北朝，日本天皇掌權的希望破滅了，再次成了傀儡。
事實上，室町幕府的統治不如鎌倉幕府穩固，權力也沒有鎌倉幕府那麼大，因為期間各地大名的叛亂事件時有發生，第八代將軍足利義主政時，爆發統治階級之間的應仁之亂，從此日本歷史上的戰國時代，各地大名割據一方，著名的有武田信玄、織田信長、毛利元就，德川家康等，在不斷的交戰中，織田信長的戰勝了其他戰國大名，基本上實現日本的統一，並於1573年攻入京都，存在了二百三十多年的室町幕府滅亡了。
但就在織田信長即將統一日本時，發生本能寺之變，織田信長被殺，其部下豐臣秀吉繼承其事業，於1590年統一日本，但豐臣秀吉並未開設幕府，被日本天皇任命為關白（相當於丞相），掌握實權，成為日本實際統治者，后豐臣秀吉病死，德川家康上台，在江戶（今東京）開設德川幕府，日本天皇形同虛設，除了制定年號，完全沒有任何權力。
三、德川幕府
德川幕府（1603年—1867年），由德川家康建立，是日本實際統治者，建立了一套完善了統治機構，在此期間，甚至有隻知有幕府將軍，不知有日本天皇的局面。
德川幕府的統治一直持續到十九世紀中期，由於商品經濟的發展和西方列強的入侵，幕府統治岌岌可危，一些日本有識之士形成了倒幕派，在明治天皇的名義下，於1867年發動王政復古政變，宣布廢除幕府，德川幕府第十五代將軍德川慶喜把權力交還給日本天皇，史稱」大政奉還「，日本天皇重新掌權，存在了二百六十多年的德川幕府滅亡了，日本歷史上的幕府統治到此結束。
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