戰略部署被打亂，平叛任務難完成，洪承疇無奈請辭
除了備作戰外，上文還提到一個問題叫 樹我之藩籬。這個意思是說 建立一條從湖北到廣西，穿過湖南常德、寶慶的千里防禦縱深，以永州、祁陽、衡州、湘潭、益陽、常德、彝陵、荊州等節節設鎮，五千里之長邊，首尾呼應，而楚中之氣脈貫若連星。但是由於建立這條防禦體系所要耗費的人力、財力和時間實在無法估算，故而沒有受到清廷的重視。
這樣做的目的是很明顯的，因為洪承疇麾下部隊所布防的區域比較廣闊，將麾下標營分配至具體地方，需要有連貫的防禦體系來聯通，這樣才不會在戰役中出現被分割包圍而殲滅的危險。可以說，這是他軍事才能的體現。
另外一點就是也可以防止南明軍隊和地方武裝的勢力，插空子，在兩地之間建立起武裝，然後對駐防地區進行襲擾，若時日耽擱久了，插空子的地方武裝多了，那麼清軍必將疲於應付，落於下風。這個舉措對抗清勢力的聯合活動，進行了有效的遏制。
南明名為明之後，實際就是由幾個軍閥擁立一個沒有實權的皇帝組成的各自為政的散漫的政權。
但是由於洪承疇的總體戰略中，制訂的是守字當先，所以這條防線在軍事對抗中所起到的作用實際十分有限，他自己曾經說他在湖南地區是一籌莫展，寸土未恢。他坐鎮長沙四年，絕少主動出擊。當時清廷多有人上書參奏洪承疇，但是因為順治帝並不做出回應，所以此事也就作罷了。
順治十一年，李定國兵敗廣東，退往廣西，洪承疇並不截擊，只是因為他在湖南地區的所作所為剛剛見了成效，且李定國並不是孤軍，因為當時孫可望佔據著湖南的另一邊，靖州、沅州、辰常皆為其所有。這個問題常常為後人說詬病，但是當時也確實是迫於無奈，不能追，這個冒險的虧，之前在松山已經吃過了。如果孫可望趁著洪承疇出擊之際，截斷了粵西險道，則洪必然首位不能相顧。
而且當時，湖南地區的清軍態勢並不穩定，在李定國於廣西發動攻勢時，洪承疇麾下發生了官兵潰逃事件，原因在於洪承疇剛到湖南，就開始讓各鎮、營部將率部進駐常德，搶佔區域作為前沿陣地。
而當時因為他恰好遇到了班師的貝勒屯齊，得知寶慶附近的要地，要被孫可望奪回，五月，將勞師派入戰鬥中，導致了所佔區域的後勤補給完全跟不上，因為城中無百姓，幾乎都是死城，加上這些人基本都是西北地區的官兵居多，水土不服，發生了潰逃，共逃193人，追回108人。以此等狀態的勞師與李定國的部隊作戰，無異於以卵擊石。因此從六月起，洪承疇開始練兵和休養生息，一直到順之十二年上半年為止；
而順之十三年，再次發生了一件事情，這件事情則也讓清廷對洪承疇失去了最後的權宜性的信任。順治十三年十月，發生了放棄辰州的事情，在武岡地區五次易手後，駐守荊州的寧南靖寇大將軍阿爾津率兵攻下孫可望部將佔據的辰州後，欲進行固守，但是由於這個地方是一個前出位置，周圍的靖州、沅州仍舊在孫可望手中，所以成為了眾矢之的，阿爾津無法保證自己手下滿洲兵糧餉的供應充足。武岡戰役我就不講了，有空我一定會說，但是過程比較複雜。
當時負責主管糧餉供應的是湖廣左布政黃志遴，署理督糧道事武昌知府梁知先，而在一次大規模運輸途中，米豆、草料的船擱淺，致使所有物資幾乎完全喪失了。但是這倆人因為洪的庇護，免除了處分。這個船是怎麼翻的原因，沒有說，個人分析是遇到劫匪了。而這個劫匪的身份應該就是南明的地方武裝，這個就不說了，清軍在軍事行動中，並不像之前瓦解南明軍內部那樣順利，他們不佔上風。
而且後方供應能力極為有限。這似乎又讓洪承疇回到陝西地區剿匪的時候。以少量的精銳面對大規模的烏合之眾，奪了的地方又被奪回去。無險可依，無路可守，況且孫、李並非泛泛之輩，想等到洪的五千里長邊防禦體系建成，當時估計還要一年。才有可能做到首尾呼應，主動出擊無後顧之憂。在此之前，就算佔領了再多的地區，一旦賊數倍而來，則還是要放棄。可以說阿爾津的急功近利，也完全乾擾了洪承疇的部署。
順治十四年六月，洪承疇乞病解任，這個原因在史料中，留下了記載，這次請辭原因在於，清軍數次催促洪進剿雲貴的南明政權，但是洪堅決不出兵。因為他吸取了之前松錦之戰的教訓，知道上面的訓令是怎麼能把一件好事變成一件讓自己遭殃的事的。所以，早在順治十二年底，他就談了三個條件，這三個條件具備了，方能出兵剿殺，1、官兵齊集、2、糧餉充足、3、事機湊合。
仔細分析一下，不難發現，1、2都屬於硬性條件，是清廷無可辯駁的條件，3則又體現了洪的精明手腕，事機湊合，什麼時候湊合，那並不是兵部說了算，也不是福臨說了算，而是洪本人的決斷說了算。也就是說，即便前兩者滿足了，如果只欠東風，那洪經略依舊可能不會出兵。這樣一來，清廷也不高興了。
而就在這個時候，洪得到了一個線報，這個線報，就今天的眼光來看，是一半正確，一半錯誤。內容是，孫可望、李定國可能要盡釋前嫌，正確在於，李定國面對孫可望的諸多要求、慾望，他退了一步，而錯誤在於，這種退讓讓二人的矛盾其實更深了。
洪承疇雖然用三個條件，將兵部催促其出兵的要求推到了十三年冬天。但是這個情報，無疑給洪承疇潑了一盆冷水。讓他原本計離賊黨，使自為解散，以潰彼之腹心的大計劃落空了。於是，在這種比較被動的局勢下，他請求辭職。因為他預測，即便這個三個條件都做到了，屆時孫、李合兵，他依舊難以憑藉手中牌取勝。
對於他做法早有不滿的清廷上層，這次也不再容忍，甚至連 愛卿你留下吧 這樣的表面文章都沒做，就答應了他的請辭，而且很快就批覆了他。如此之快，效率之高，再次證明了清廷對他的信任，是迫不得已的，是權宜的信任。順治十六年，洪承疇的地位已經不如從前很尷尬。順治十七年，他正式從西南地區回京，完成了他的歷史使命，而他前腳剛走，後腳孫可望就投降了清廷。
在兩次大決斷面前，洪承疇都沒有做出大家希望他做的抉擇，松錦之戰被俘，他沒有殉國，經略西南遇到瓶頸，他沒有繼續努力扛下去。這不得不說，是他性格中為人的優點，而卻是任事的弱點吧。
回京之後，洪更加小心謹慎，康熙四年，他去世於南鑼鼓巷的家裡。只得到三等輕車都尉的廉價頭銜。千秋功罪任由後人評說。
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