Science：5篇頂級癌症研究文章重複率差！

Science日前報道了癌症生物學領域重現性項目（Reproducibility Project:Cancer Biology）指出該領域中一些高影響力癌症研究文章可重複性非常差。其中，第一階段的5篇備受矚目的癌症研究文章，在嚴格按照原始研究的實驗Protocol下進行重複性驗證後，發現只有兩篇能重複出來，兩篇結果存在質疑，一篇則完全不能重複出來。

重複性項目設立的起因

該項目設立的主要原因是因為兩個製藥公司巨頭（Bayer&Amgen）在試圖跟蹤幾十篇論文發表的新藥物的潛在治療效果時，發現其中有89%的研究論文不能被複制出來。但由於這些生物公司和相關實驗室簽訂了保密協議，因而並沒有透露出他們無法重複實驗的相關文章和詳細細節。

因而，2013年已經由主導對心理學發表文章進行重複驗證項目的非盈利性Center for Open Science（科學開放中心）聯合與帕洛阿爾托的Science Exchange（科學實驗外包平台）發起了一項「癌症生物領域重複性工程」，旨在挑選出2010年至2012年間50篇高影響力的腫瘤生物學相關研究論文，撰寫這些論文關鍵實驗的Protocol及嚴格以此來驗證這些論文的可重複性。

但由於資金問題及信息材料獲取困難等障礙，論文數目已由50篇減少到30篇。在項目進展過程中，被挑選的這些論文毫無例外顯現出的可重複性非常差，而eLife於18日只發表了該項目第一階段中五篇研究論文的重複性實驗結果。

五篇頂級論文的重複性實驗結果

其中，只有兩篇文章能夠很好的重複出來。2011年Cell發表的文章《BET bromodomain inhibition as a therapeutic strategy to target c-Myc》中，指出癌症基因Myc抑制劑BET bromodomains可以延緩小鼠多發性骨髓瘤的腫瘤生長，而該抑制劑也已經進入了臨床試驗。該文章中部分關鍵試驗已經被達納法伯研究所的研究者重複出來了，而其研究者Brandner表示這並不意外，且他也非常支持對論文進行重複性驗證。

而另一份被重複出來的文章是2011年Science Translational Medicine發表的來自於斯坦福計算生物學家Atul Butte實驗室的一篇文章《Discoveryand preclinical validation of drug indications using compendia of public geneexpression data》，該文章證明了潰瘍藥物Tagamet（甲氰咪胍）可減慢小鼠肺腫瘤的生長。

而另外兩篇文章的重複性實驗卻觸礁了，產生了不確定的結果。一個是基於2010年Science的文章《Melanoma genome sequencing revealsfrequent PREX2 mutations》，當PREX2基因突變後會刺激黑色瘤的生長。在重複實驗的最初階段，研究者獲得了原始文章中使用的可轉化為腫瘤細胞的人類皮膚樣細胞並將轉化後的腫瘤細胞種植到小鼠體內。然而在隨後的一周內，無論腫瘤細胞中PREX2基因有沒有突變，腫瘤大小並沒有顯著性差別，因此很難得出發表文章中的結論。但是該文章的首要作者Levi Garraway和Lynda Chin卻認為這是因為培養細胞的遺傳特性可能會隨著時間的推移而發生變化。

另一個實驗室在試圖重複斯坦福大學幹細胞生物學家lrvingWeissman和他同事的研究內容時也遇到了同樣的問題。Weissman曾在PNAS雜誌發表了文章《The CD47-signalregulated protein alpha (SIRPa) interaction is a therapeutic target for humansolid tumors》，並指出針對腫瘤細胞表面受體的抗體CD47可以在小鼠中緩解腫瘤生長。但在重複性實驗中，無論是小鼠的實驗組還是對照組，腫瘤生長速度均非常緩慢；而且對照組中少部分個體的中位無瘤生存期縮減至一周左右（文章為9周以後）。因而進行重複實驗的研究者認為該抗體能否在臨床試驗中對腫瘤生長起到作用還有待考證。但Weissman卻指出已有其他實驗室重複出了CD47的顯著的抗體效應。

最後，關於2010年Science雜誌的一篇研究《Coadministrationof a tumor-penetrating peptide enhances the efficacy of cancer drugs》的重複實驗卻完完全全失敗了。該文章認為肽分子iRGD能幫助化療藥物滲透到前列腺腫瘤細胞中，並可使腫瘤體積縮小。然而eLife上報道的這項重複性研究中卻發現iRGD在小鼠身上並沒有上述這些作用。本文的作者Erkki Ruoslahti卻認為這是因為重複性研究中採用的是商業性iRGD，且在驗證其對腫瘤的效果前並沒有做任何實驗驗證其活性。但該項目的項目經理Tim Errington回應道，之所以用商業iRGD是因為Ruoslahti拒絕提供文章中使用的iRGD。關於此，Ruoslahti認為他現在不記得是否發生過此事，並擔心這份重複性失敗的研究會影響iRGD進入臨床試驗。

重複性實驗結果引爭議

目前這5篇文章還僅僅只是這個項目的一個開端，就已經證明了一些高影響力研究文章可重複性竟是如此低下，確實令人擔憂。這也說明了癌症生物學領域和其他領域一樣，確實有很多論文不可重複。不過造成該現象的原因有很多，比如試劑有問題，又或者是選擇的生物系統有缺陷。

但是也不少科學家對該項目表示質疑。尤其是在該項目中被挑中的研究者們，他們的態度都很負面，認為重複性研究非常耗時耗力，而這些研究成果也只是表明了一份好的科研研究是很難精確地被重現，因為生物系統是複雜可變的。此外，他們還認為文章不能重複出來，很大程度上與這些承擔著重複性實驗驗證的實驗人員的專業程度較低有關，外包實驗室很可能會很難獲得與高度專業化的實驗室相一致的實驗結果，畢竟如果僅僅把實驗方案寄給外包實驗室就能搞定，那麼研究者又必在實驗上浪費這麼多時間和精力。同時，這其中也許還會參有一些其他公司利益的考量。

參考文獻：1.The Cancer test

2.Rigorous replication effort succeeds forjust two of five cancer papers

3.https://elifesciences.org/collections/reproducibility-project-cancer-biology