Nature故事：他用DNA測序技術，讓百年腫瘤「變廢為寶」

在倫敦大奧蒙德街兒童醫院地下室的檔案庫里，存放著一些「寶貴」病歷。癌症研究人員Sam Behjati希望能夠利用這些資源開啟未來的研究。5月2日，他和他的同事發表了一些成果，這些成果來自前個世紀3份兒童腫瘤樣本的基因組序列。這則故事也於5月11日被Nature網站報道。

這些有歷史意義的細胞有助於解決現代問題：少數罕見腫瘤樣本還能供研究者使用。Behjati深刻地明白這一點。在維康信託基金會桑格研究所，他對那些可能導致罕見兒童腫瘤的基因組進行追蹤。作為一名醫生，他常常因為缺乏證據支持自己的大部分做法而感到沮喪。

「關於罕見兒童腫瘤的治療方案基本都是編造的，」 Behjati說，「假設全國只有三到四個病人，那麼你如何進行合理的臨床實驗？」

為了擴大測序樣本池，2014年他決定利用先進的基因組測序技術來分析陳舊的病理樣本DNA序列。醫院裡的165年存檔樣本和病人記錄給他提供了一個機會。

百年病歷，豐富的研究資源

圖片來自Nature

美國國家癌症研究所的項目負責人Danielle Carrick表示，這項工作強調了這些檔案資料是一份寶貴的資源。挖掘這些檔案可以擴大稀有疾病以及民族群體的研究選擇，可以開展更大規模的研究。

研究人員分析了許多較為古老的樣本DNA：這些DNA序列已被用於數十萬年前遠古人類的研究。但隨著時間的推移，這些DNA會逐漸減少，然而，癌症研究者們需要高質量的序列來尋找促進腫瘤生長的個體突變。

大奧蒙德街醫院成立於1852年。Behjati以及大奧蒙德街醫院兒童保健研究所的病理學家Neil Sebire帶領團隊研究了上世紀20年代的樣本，這些樣本完整地保存在檔案室中。

研究人員研讀了病人的登記資料，這裡面包含了醫生手寫的病人名字、數量以及診斷情況。病理樣本存放在小紙箱中，裡面裝滿了幾十個大約有指甲大小的石蠟立方體，每塊石蠟都有對應的患者名字。石蠟中的樣本浸泡在甲醛溶液中。

這幾年，癌症治療發生了巨大的變化。二十世紀二十年代來到大奧蒙德街的兒童癌症患者除了手術幾乎沒有選擇。在缺乏現代影像學方法的情況下，被診斷的兒童往往都已經非常嚴重了，他們的腫瘤大到醫生完全可以摸得著。

百年老樣本，有了現代用途

Behjati希望，這些腫瘤樣本能夠幫助他和其他研究人員為未來的患者提供更好的治療選擇。他們挑選了三種樣本：肌肉癌（橫紋肌肉瘤）、血管瘤（毛細血管瘤）以及淋巴瘤。通過染色體切片證實了最初的診斷，他們提取了每個樣本的DNA，並測定了366個基因的序列。他們在這三個樣本中都發現了與癌症相關的突變。

他們將繼續在大奧蒙德街醫院收集資源，同時還計劃挖掘其他醫院的檔案資源。隨著收集樣本的增加，他們計劃用這些樣本所產生的數據來尋找共同的、潛在的藥物靶點。

Sebire指出，兒童癌症可能有一些特別合適的治療方法。成人癌症的基因組往往被成百上千的基因突變所掩蓋，而兒童癌症的基因組往往有更少的突變，這使得研究人員更容易找到那些最重要的突變。

隨著技術的發展，這些百年老樣本有了現代的用途。然病理學技術也正在逐漸衰退。Sebire預計，在不久之後，病理學實驗室將放棄現有的顯微鏡儀器，而轉向DNA測序儀和蛋白質檢測儀器。