從零開始學轉錄組：軟體安裝

生信技能樹的轉錄組學習開班了, 第一個任務是安裝軟體, 於是我花了一個下午時間和Linux鬥智斗勇。

系統準備

windows10： Unbuntu on windows10. 至於如何win10上開啟Linux子系統，百度會有無數教程的。

建議搭配cmder，界面更好看，用的更開心。

但是直接在cmder里啟動ubuntu不能使用方向鍵，需要做一些修改，即在cmder的setting的startup的command line添加

軟體準備（conda）

1.下載miniconda https://conda.io/miniconda.html Linux Python2.7

根據提示，最後會安裝到下。

2.添加bioconda channel, 目前還沒有國內源

3.用conda安裝軟體sratoolkit,fastqc,hisat2,samtools,htseq-count, 與網路有著密切的關係

查詢可供安裝的軟體, https://bioconda.github.io/recipes.html#recipes

拓展： 了解conda的命令

註：conda只有一個問題，就是看網路條件，國內源似乎還在製作中。

R語言和Rstudio就看下面的講解。

軟體準備（麻煩的編譯篇）

我的習慣：

家目錄下創建src文件夾，用於存放軟體包

家目錄下創建biosoft文件夾，用於安裝軟體

為了提高下載速度，我們需要替換中默認鏡像源。方法參考自中國科學技術大學開源鏡像站

選擇合適的鏡像站，讓你的速度飛起來

sratookit

功能： 下載，操作，驗證NCBI SRA中二代測序數據

網址：https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=software

步驟：

閱讀官方文章進一步了解：

如何開啟ascp加速下載

vdb-config更改基本設置

fastqc

功能： 可視化展示二代測序數據質量

網站：http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/

步驟：

拓展：

了解fastqc結果中各個圖的含義

掌握如何從fastqc的結果中提取數據

學習sed的用法，http://dongweiming.github.io/sed_and_awk/

samtools

SAM: 存放高通量測序比對結果的標準格式

功能： Reading/writing/editing/indexing/viewing SAM/BAM/CRAM format

網站: http://samtools.sourceforge.net/

安裝：

順便安裝bcftools

因為用的是github，所以以後更新就用下面命令

吐槽： 編譯的時候需要安裝好多前置包，真麻煩！

HISAT2

功能： 將測序結果比對到參考基因組上

網站： http://ccb.jhu.edu/software/hisat2/index.shtml

安裝：

吐槽： 居然沒有make install !!!

拓展：

HISAT2支持,也就是可以集成SRATOOLS的，但是需要安裝額外包，可以看文章自己折騰。

HTSeq

功能： 根據比對結果統計基因count

教程：

http://www-huber.embl.de/users/anders/HTSeq/doc/tour.html#tour

推薦：

推薦安裝一個ipython，學習ipython如何使用

將軟體包安裝到當前用戶目錄下

R

Ubuntu 14.04的自帶R版本跟不上時代的變化，然後自己編譯的坑有太多，所以先用Linux處理數據，然後在Windows下分析數據。這樣就很輕鬆了。一些需要編譯的軟體包，還可以用RTools。

R：https://cran.r-project.org/

Rstudio： https://www.rstudio.com/

二進位版本： R官方提供了Ubuntu最新版本更新方法,如下

安裝之後建議修改一下R包鏡像源，提高下載速度。

編譯部分：新手階段不要輕易嘗試，如果你能順利搞定，你的Linux能力已經過關了

如何處理中出現的問題：

configure: error: No F77 compiler found

configure: error: —with-readline=yes (default) and headers/libs are not available

configure: error: —with-x=yes (default) and X11 headers/libs are not available

configure: error: pcre >= 8.20 library and headers are required

注： 上面安裝其他軟體時用到的包，其實也有一部分是R所需要的，如果出錯的話，也是谷歌+必應+百度一個一個解決。

最後配置成功後會出現如下結果：

這些警告無傷大雅，畢竟CLI看不了PDF。

然後我發現一個錯誤

原因是之前的無頭， 不完整，所以需要重新安裝一個完整的

然後重新

我以為自己不會遇到問題了，結果

MDZZ!本來就沒有考慮到x11模塊，不能搞pdf，你和我說報錯！於是我默默去百度一下，給出的方法是忽略錯誤

謝天謝地，終於通過了！！！添加環境變數測試一下吧

真麻煩！我要去Y叔的小密圈問下，看看他有沒有其他更好的方法

一點經驗

以後在Ubuntu安裝軟體之前，先保證如下被安裝了。

R編譯需要的Java必須是完全體，所以必須是 openjdk-9-jdk，不然無限報錯

可以忽略系統報錯，繼續走下去，很多時候一點小錯是沒有關係的

如果寫錯了，然後最後安裝的地方錯了， 不能簡單的把軟體包挪個位置就行了，至少要把目錄內的和的路徑進行修改。

make得要好好學習，有些時候不能一套走下來,有點作者可能沒有定義install

我們遇到的問題基本上無數前人已經填坑了，所以谷歌百度必應總能找到， 如果你想偷懶，那你可以加入我的小密圈，向我提問。

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