PlOS 被忽視的熱帶病：WGS 鑒別複發性麻風病患者的複發源頭

自從1980』s開始系統性的採用聯合治療 (MDT) 方法診治麻風病以來，麻風病的患病率顯著降低，但全世界每年仍有20萬新發麻風病案例困擾人類。本研究採用NGS技術鑒別3例複發性麻風病的複發源頭，區分是由於耐葯菌株出現導致治療失效，還是由於再次感染新菌株導致疾病發生，幫助臨床醫生評估診療效果以及採取進一步診治措施。

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方法

· 倫理聲明：獲取國家倫理研究委員會、動物倫理研究委員會的許可。參與患者簽署知情同意書。

· 實驗設計：從參與巴西針對麻風病患者採取統一的MDT方法的開放性臨床實驗 (U-MDT/CT-BR) 的患者中選取3例確診的麻風病複發患者。初次發病患者採集組織樣本後福爾馬林固定石蠟包埋。

· DNA提取：提取和富集3例複發性麻風病患者樣本的DNA，不同階段DNA質量均進行嚴格質量控制。

· 文庫構建：提取的DNA進行建庫後除去文庫中的宿主DNA，對捕獲後的DNA擴增和質控後，NGS測序平台測序。

· 測序分析：對原始數據進行組裝後與參考資料庫中的麻風桿菌基因組進行比對。兩次發病時期的基因組測序結果進行單核苷酸多態性 (SNP) 分型，數目可變串聯重複序列 (VNTR) 和插入和缺失標記 (inDels) 分析。

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研究結果

3例感染患者的麻風桿菌的NGS測序結果顯示未出現對利福平、氨苯碸和氧氟沙星的耐葯基因，排除了疾病複發是由於耐葯基因出現的可能性。NGS檢測到3例患者都存在初次感染與複發後測序序列的差異。其中1例患者存在明顯由於不相關麻風菌株再次感染導致麻風病的證據，而另外2例患者麻風病複發的可能性更高。

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NGS 鑒別複發性麻風病案例的複發源頭

本研究是第一例使用NGS技術檢測麻風分枝桿菌的全基因組序列，揭示地方性經受治療並痊癒的麻風病患者再次被麻風桿菌另一菌株感染的報導。通過採集臨床麻風病患者的組織樣本，提取麻風桿菌DNA進行測序後區分再次複發案例與再次感染案例。NGS檢測和分析結果促使臨床醫生採取轉換治療策略或啟動預防疾病傳染機制，最終影響臨床決策。

3例患者2次麻風病發病時期的WGS數據分析結果

(WGS distinguishes between relapse and reinfection in recurrent leprosy cases，2017)

原文引用：Stefani, M. M., Avanzi, C., et al. (2017). Whole genome sequencing distinguishes between relapse and reinfection in recurrent leprosy cases. PLOS Neglected Tropical Diseases, 11(6), e0005598. DOI：https://doi.org/10.1371/journal.pntd.0005598

本文由華大醫學Micro-NGS感染頻道提供，關注華大醫學 (ID: bgidx-dyh) 公眾號了解更多內容。

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