進藏擊敗入侵西藏準噶爾部首領策妄阿拉布坦，使西藏暫時得到安定

「三藩」都是降清的明將，吳三桂封平西王，留鎮雲南；尚可喜封平南王，留鎮廣東；耿仲明及其子死後，其孫耿精忠襲靖南王爵，留鎮福建。各擁重兵、勢力坐大，嚴重威脅清王朝的統治。康熙十二年，玄燁在戶部尚書米思翰、兵部尚書明珠等的支持下，果斷地下令撤藩，令「三藩」各率所部歸遼東。十一月，吳三桂舉兵反，主力出貴州，掠湖南，分兵攻四川、江西，不久，尚之信（可喜子）、耿精忠、廣西將軍孫延齡起兵響應。玄燁毅然命將出師，進行征討。在歷時八年的平亂戰爭中，年輕的玄燁表現出卓越的政治軍事才能。他利用政治分化和軍事壓力迫使尚、耿二藩脫離吳三桂，招降陝西從叛的王輔臣，同時迅速平定內蒙察哈爾右翼王子布爾尼叛亂和北京城內楊起隆反清起事以安定後方，從而使清軍得以集中力量與吳三桂主力相持於湖南，二十年，「三藩」之亂平定。

隨後，玄燁又進行了統一台灣的鬥爭。起用原鄭芝龍部將施琅為福建水師提督，準備進軍台灣。二十二年六月，施琅率領水師兩萬親人，大小戰艦二百餘只，一舉攻佔澎湖，台灣失去屏障，鄭氏軍事力量損失慘重，鄭克塽（成功之孫，鄭經之子）、劉國軒等向清軍投降。玄燁支持施琅在台灣設官兵鎮守的建議，否定了臣僚中棄而不守的謬見，在台灣設置一府三縣（台灣府及台灣、鳳山、諸羅三縣），隸福建省，並設總兵、副將率兵駐守台、澎，使台灣重新統一於中央政府的管轄之下。

玄燁又集中力量與割據西北的厄魯特蒙古準噶爾部首領噶爾丹展開鬥爭。康熙二十七年，噶爾丹引兵三萬越杭愛山向喀爾喀蒙古土謝圖汗部發動進攻，喀爾喀各部敗潰，噶爾丹以追擊為名，直抵距北京七百里的烏蘭布通。玄燁決計親征噶爾丹，以「除惡務盡」。二十九年、三十五年、三十六年，三次親征，三十六年噶爾丹敗死。準噶爾對喀爾喀蒙古的侵擾被粉碎，喀爾喀各部得以返回原地。玄燁為加強對外蒙古地區的管理，沿襲了太宗皇太極以來的盟旗制度，採取聯姻、封爵、年班、圍班等措施，以密切與蒙古領主貴族的關係；特別是尊重蒙古族信仰的喇嘛教，以籠絡僧俗人等和廣大牧民。

康熙三十年，玄燁率八旗勁旅前往多倫諾爾草原與喀爾喀蒙古諸部舉行多倫會盟，把對內蒙古的較嚴密的管理制度推及於喀爾喀各部，這對加強北部邊防，發展和鞏固統一的多民族國家，起了積極的作用。玄燁也十分注意西藏、青海問題，他深知西藏為蒙古各部尊奉的黃教領袖地位的重要，對準噶爾、和碩特等部插手西藏而使其政治動蕩保持警惕。五十二年，他冊封班禪呼圖克圖為班禪額爾德尼。五十七年，以皇十四子胤禵為撫遠大將軍，進藏擊敗入侵西藏的準噶爾部首領策妄阿拉布坦，使西藏暫時得到安定。

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