基因功能通路和GO分析，你用什麼軟體做？

關於基因的功能富集分析，大家最熟悉的就是GO和KEGG pathway分析了，除了R語言外，我們梳理4個功能富集分析的工具：

1. DAVID：https://david.ncifcrf.gov/

相信大家都聽過這個網站了，我們輸入基因名，選擇好物種後就可以直接用了：

選擇物種：

選好物種後：

既可以單獨看單個基因的結果，直接單擊藍柱子就可以：

又可以看綜合的結果，單擊chart就可：

結果可下載，各種圖都可以自己畫。

DAVID的使用怪阿姨也寫過，參見文章：暴躁的EXCEL測序結果分析方法

這個軟體我們也介紹過：（工具篇）S5E47：聖器之——基因功能分析

使用更是簡單，因為分析的物種僅限於人，所以直接導入基因名：

然後富集分析就好了：

結果可以直接出圖：

3. String：https://string-db.org/

關於String，大家知道的最多的是分析蛋白相互關係，其實string也可以做GO和Pathway分析，選擇多個蛋白後，輸入基因列表後選擇物種human：

就出來了我們看到的最多的圖：

另外，在Analysis裡面就可以看到GO和pathway的分析結果了：

同樣，結果可下載導出。

4.GeneAnalytics:https://ga.genecards.org/

GeneAnalytics是GeneCardsSuite的一個網站，需要註冊才能使用，註冊後直接選擇物種，人或者小鼠，然後輸入基因名字：

單擊Analyze就可以了，在結果中包括了組織、細胞、疾病、信號通路、GO分析、表型和化合物：

我們可以分別打開看：

這樣的工具太多了，今天就介紹這四個，當然ClueGO也可以，畫出來的圖是這樣的：

關注後獲取《科研修鍊手冊》1、2、3、4、5，基金篇精華合集

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