科研沒頭緒？試試這個航母級資料庫吧！

JGI主要有以下8個資料庫工具：

1、BBTools

主要用於處理DNA和RNA序列的原始讀數數據。

2、Genome Portal

在這裡可以下載到JGI收錄的各個物種的基因組數據以及相應的分析工具，為科研工作者提供了基因注釋、序列比對、組學分析、同源性分析等多種功能。

3、GOLD（Genomes OnLine Database）

GOLD中提供了來自全球多個來源的各個物種宏基因組測序項目的信息，以及它們的元數據。

GOLD的數據規模還在不斷擴大，越來越多的物種基因組信息將被收錄其中。

4、IMG（Integrated Microbial Genomes）

IMG著眼於微生物基因組的研究，提供微生物基因組數據的下載和分析（IMG/M，IMG/VR），以及分析挖掘微生物中生物合成代謝過程（IMG/ABC）。

5、Meraculous

這是一個真核生物基因序列分析工具，做物種基因組測序研究的童鞋可以關注一下。

6、MycoCosm

MycoCosm是一個真菌基因組資料庫（http://genome.jgi.doe.gov/programs/fungi/index.jsf）

據JGI官方說，百科全書也是他們的一個重點項目，但是目前看起來似乎還比較簡單，內容不多，本宮隨便翻看了一下，有種小時候看《十萬個為什麼》的感覺。

搜索欄中可以搜索你感興趣的真菌，比如我們搜個Cordyceps militaris（蛹蟲草），這裡似乎得用全稱，用C. militaris這樣的名稱識別不出來。

網站提供了包括BLAST序列比對、GO，KEGG注釋，KOG注釋。

BLAST的用法同我們之前介紹的類似一大波工具、資料庫丟你一臉，GO和KEGG也有介紹有關生物信息學你必須要知道的，那麼KOG是什麼鬼？

KOG（euKaryotic Ortholog Groups）和COG（Clusters of Orthologous Groups of proteins）是基於基因直系同源（Ortholog）關係進行注釋的兩個系統其中KOG針對真核生物，COG針對原核生物。COG/KOG結合進化關係將來自不同物種的同源基因分為不同的Ortholog簇，目前COG有4873個分類，KOG有4852個分類。來自同一Ortholog 的基因具有相同的功能，這樣就可以將功能注釋直接繼承給同一COG/KOG簇的其他成員。

如果你還沒有確定要研究的具體物種，你也可以試試真菌分類的Tree。

今年國自然面上項目還是有不少和真菌有關的（醫學相關）：

（1）新型苝醌類衍生物作為外排泵特異性抑製劑的逆轉真菌耐葯及作用機制研究山東大學常文強

（2）AMPK激動劑在中性粒細胞-MMP-8致真菌性角膜炎炎症損傷中的保護機制河南省眼科研究所張紅敏

（3）天然免疫通過DCs調節Th17獲得性免疫在角膜抗真菌感染中的作用機制山東大學吳欣怡

7、Phytozome

Phytozome是一個植物相關的基因組資料庫（https://phytozome.jgi.doe.gov/pz/portal.html），藥用植物的重要性在醫學上不必多說，研究藥用植物以及中藥的童鞋可以看過來~

8、VISTA

這個軟體當然不是Windows的VISTA版本了。。。是基因序列的比較分析工具，研究比較基因組學的童鞋不容錯過。

今天有關JGI的資料庫工具就給大家介紹到這裡了，也歡迎童鞋們在留言處分享自己的使用經驗和心得。

關注後獲取《科研修鍊手冊》1、2、3、4、5，基金篇、生信特輯

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