Nat. Methods：更精細！多維度！單細胞RNA測序又往前一步

美國紐約基因組中心的科學家開發出了一種新技術，在單細胞的RNA測序方面向前邁出重要的一步，推進了為了解單個細胞的基因組學領域的發展，讓在單個細胞水平上區分不同類型的細胞和研究疾病的機製成為可能。

CITE-seq叫做細胞轉錄組和表位抗原通過測序的索引（Cellular Indexing of Transcriptomes and Epitopes by sequencing），是將成千上萬單細胞上的表面蛋白標記的檢測結果和同時對同樣的單細胞信使RNA的測序進行配對。

紐約基因組中心的研究人員對CITE-seq這個概念的方法學證明7月31日發表在Nature Methods上，監測13個細胞表面蛋白和8005個單細胞的轉錄組，這是至今最大規模的多維度單細胞分析。

紐約基因組中心提供

文章的第一兼通訊作者Marlon Stoeckius博士說：「沒有其他的方法允許同時測量相同規模的轉錄和蛋白質。CITE-seq增加了已經建立的轉錄組分析方法，對產生數據的質量沒有任何不利影響。」

新方法和以前單細胞測序法的比較

以往的研究方法是在將細胞放在平板上進行單細胞RNA測序之前，通過流式細胞儀捕獲單個細胞的蛋白質信息。這種的方法是低通量（throughput，可以分析的細胞數量）的，並且僅限於相對少量的蛋白質標記物，或者只能描述一個。

CITE-seq的蛋白質檢測組件是基於DNA條形碼的抗體，它產生一個可測序的讀出後隨著細胞的轉錄組被捕獲。用可以被dT引物捕捉的寡核苷酸標記抗體將細胞蛋白和轉錄組測量進行整合，得到有效的讀出。具體測序與現有的單細胞測序方法和規模差不多，但讀出信息大大增加。

CITE-seq可以同時檢測單細胞轉錄組和蛋白標記

新方法能進行更精細的細胞分類

CITE-seq所產生的蛋白和RNA序列的數據需要引用自定義數據分析，這是與紐約基因組中心的Rahul Satija博士實驗室密切合作開發的。作為CITE-seq強大力量的例子，研究人員使用多模態數據能夠識別自然殺傷（NK）細胞亞類，這是在單獨轉錄的基礎上很難區分的。

CITE-seq在質量和數量上都與流式細胞術類似

能對更精細的細胞群進行分析的能力在臨床研究中有許多潛在的應用。Stoeckius博士說：「未來的一個可能的方向是利用CITE-seq分析腫瘤樣本，來檢測腫瘤細胞和腫瘤浸潤的不同免疫細胞。這種方法在腫瘤異質性的深層表徵和新治療方法的發展上是非常有用的。」

參考資料

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