Protocols.io：有效防止「韓春雨事件」再發生的科學社交平台

知識 08-04

8月3日凌晨，《自然》雜誌發出聲明，河北科技大學生物科學與工程學院生命科學系副教授韓春雨及其同事發表在《自然-生物技術》上的題為《利用NgAgo進行DNA引導的基因組編輯》的論文涉及的實驗因「是否具有可重複性」問題，於北京時間8月3日撤稿。

自去年5月論文發表至今，韓春雨副教授因為這篇轟動一時的論文可謂名利雙收，全世界許多實驗室浪費大量的時間、經費、人力來驗證論文中的結果。

「如果有了Protocols.io，就可以有效避免類似的事件發生。」科學家社交平台Protocols.io聯合創始人兼CEO Lenny Teytelman在接受Xtecher獨家專訪時介紹，Protocols.io如何通過一個個嚴謹且開放的科學實驗數據以及推導過程，把科學家連接在一起，並提高科研效率，不讓「韓春雨事件」再發生。

作者｜安妮的盒子

編輯｜小魚

微信公眾號ID｜Xtecher

在生物實驗以及計算機領域擁有十餘年研究經歷的Lenny希望通過技術手段提高科學研究效率，改善科學家不得不去做大量重複性工作的這個痛點。

他和精於大數據分析的Alexei Stoliartchouk一拍即合，搭建了生命科學協議交互平台Protocols.io——大眾社交網路通過話題和共同好友將彼此連接在一起，而Protocols.io從生命科學這一分支學科著手，把科學家連接在一起，打造一個有科學價值的社交平台。

儘管被多家美國知名媒體報道過，這還是Lenny第一次接受中國媒體的採訪。「不過我們已經擁有很多的中國用戶了，」Lenny說，「因為科學文獻的通用語言是英語，雖然還沒有任何中文報道，一些中國的科學家已經開始在Protocols.io上分享他們的實驗過程和成果並和全世界的科學家一起討論諸多科研議題。」

在美國加州大學伯克利分校旁的聯合辦公孵化器里，Lenny在接受Xtecher的獨家專訪時袒露他的創業初衷：「科研實驗大量重複性的工作問題一直都在，只不過我們比以往任何時候都要更加重視它——這也是Protocols.io要解決的難題。」

重現實驗室的科研成果之難

Chris Bartley是一位擁有奇思妙想的科學家，目前，他正在耶魯大學神經生物學專業攻讀博士學位，最近他開始去證明自己的一個全新的假設，但在這之前，他必須處理一系列「歷史遺留問題」。

因為這個全新的想法建立在另外一個實驗室所發表的成果的基礎上，Chris不得不再次推導那些實驗結果，才能進一步證明他所設立的新的假設。

悲催的是，儘管這項成果已經被公開發表，可歷時兩年的研究，Chris依然還在重現這項實驗的原始結果的路上摸爬滾打。

不僅僅是因為生物實驗受到諸多環境因素的影響，Chris坦言：「我不確定其他實驗室所使用的確切公式，因為沒有原始研究的詳細流程作為參考，很多時候依然在各種試錯，更不敢錯過任何可能。」

「缺乏類似於『清單』或是『分步指南』一樣的實驗數據報告，是跨實驗室間科學家溝通的一個巨大漏洞，這個漏洞致使科學研究系統的效率低下。」Chris說。

每年，大量的科研經費投入到複製實驗成果中，但依然因為這些實驗中的某些關鍵信息無法被其他研究者快速、準確且有效地獲取，從而導致實驗成果無法被再次證明。僅在美國一個國家，每年大約有280億美元被用於重現其他實驗室里的實驗成果，且許多實驗成果並沒有因為大量的資金和人力投入而被成功複製。

「這其中，生物醫學領域的投入只佔一小部分，再現實驗結果是各個學科的研究工作者所要面臨的共同問題。」Lenny告訴Xtecher。

和Chris一樣，大多數科學家們都需要一個新的工具，或者是能夠在一個公開的平台讓實驗流程一目了然——共享或再現實驗步驟、實驗所用的試劑、推算的公式以及每一步的結果……並被記錄下來，這就像是來自全世界的、需要用到這一實驗數據和結果的科學家都「在實驗台旁」（at the bench）討論問題一樣，那將大大減少他們的重複工作，提升科研效率，從而推進科學的進步。

「幾乎所有需要重現他人實驗室結果的科學家都和Chris有著一樣的渴望。」Lenny說，「事實上，Chris正是Protocols.io應用程序的早期用戶之一。」

現在，Chris會把自己的實驗過程同步在Protocols.io上，讓更多的科研人員看到，他們會在Chris進行實驗以及公式推算過程中參與進來，在每一個實驗步驟中重現其實驗結果並進行及時的更新。一些科研工作者還會參與討論，有時可以實時地修正Chris的一些問題——若當有人對實驗成果有疑問或不易理解時，他會及時根據反饋對研究成果的闡述進行修改，從而讓其學術論文更加清楚、明確。

「在這個平台上，科學家選擇合適的時機共享他們的實驗過程和結果，並和來自全世界最優秀的科學家通過在線討論，大家可以在任何一個步驟或者細節處提出質疑，從而幫助科學家發現問題、修正方法、優化實驗步驟和過程，並最終發表出更加出彩的論文。」Lenny說。

通過Protocols.io平台，PLOS Biology發表更具說服力的論文，Lenny說像這樣的例子還有許多。

Protocols.io還和許多知名的學術期刊以及科研機構、學術協會達成合作，這些合作組織也會參與到實驗的討論中來，給予科學家專業建議。自2014年產品上線以來，截至目前Protocols.io已擁有自發的註冊用戶1萬餘人，這些用戶都是來自於全世界的生命科學領域的科研工作者。

「如果是一般的社交網路平台，你會看到數據可以成冪次增長，每天都會有許多人進來，但是科研社交平台顯然更加垂直和專業化，我們希望把它做得更加有深度，真正幫助那些需要幫助的科學家提高他們的工作效率。」Lenny說。

全球科學家共享聯動的

Protocols.io

在中國，人們對那些曾從事學術研究工作卻轉而去創業的人有一個有趣的稱謂——「科研逃兵」，這並不帶有任何貶義色彩，相反，它會被用以形容那些從研究領域裡跳脫出來、卻在另一個應用領域裡取得傑出成就的人。

Lenny就是這樣的「科研逃兵」。

他擁有十多年的計算和實驗生物學經驗，從加州大學伯克利分校畢業後進入麻省理工學院的博士後研究。三年前，他從數學和計算機科學轉向分子生物學，同時成為一名資料庫開發人員。Lenny搭建了一個生命科學協議交互平台，把自己分享科學的熱情通過protocols.io實現，並用技術幫助科學家提高研究效率。豐富的經歷讓Lenny擁有更加活躍的專業思維以及廣闊的學術視野。「我喜歡科研，那個時候的理想是成為科學家，我希望自己可以一直從事科研以及教學工作。」Lenny說。

在麻省理工學院做博士後期間，來到新的實驗室的Lenny提出了自己全新的科研假設，並打算通過實驗以及專業知識證明這個假設，和後來成為Protocols.io最早一批用戶的Chris一樣，Lenny不得不首先去重複一個實驗，以證明前人已經在實驗室中獲取的實驗結果，從而進一步證明自己的假設。

讓Lenny沒想到的是，僅僅為了重現和證明一個實驗結果就足足花去了他兩年的時間。

這位年輕的麻省理工博士後研究員發現，自己在實驗室里做的事情就像對單個單元格中的DNA進行排序一樣，「儘管如今計算機技術發展迅速，但是許多生物科學家並沒有將自己的研究完全數字化，很多時候，他們還是在用紙和筆來記錄自己的研究步驟。」

曾幾何時，當Lenny發現自己的科研之路上大把的時間都浪費在了重複他人工作之上時，他覺得有必要憑藉專業技能做些什麼，「使科學家更容易分享和發現最新的科學知識」，親身的閱歷讓他對於提高科研效率的熱情更加強烈。

他希望通過技術手段提高科學研究的效率。

這與另一位聯合創始人Alexei的想法不謀而合——Alexei特長是專註於構建並分析基於Web系統背後的大數據集，在創建Protocols.io以前，他先後擔任CNET的技術負責人、雅虎thisMoment的負責人以及rewardStyle.com的CTO，擁有計算機科學碩士學位和應用數學學士學位。

Alexei同樣看到科學家在研究工作中溝通相對封閉的問題，希望通過技術手段幫助科學家提高科學研究的效率。2012年1月7日——這一天至今讓Lenny記憶猶新，Alexei問Lenny：「生物科學家需要什麼樣的應用程序？」

於是，Protocols.io應運而生。它的工作原理像是一個共享的實驗室操作指南，科學家可以在Protocols.io平台上寫下他們的實驗步驟，當然，他們可以自由選擇使其公開化或者部分可見、私自可見，來自全球的科學家或實驗室都可以參與討論並參與編輯他們的實驗過程。「就像是一個眾包協議，大家一起完善實驗步驟和方法，減少科學家犯錯的幾率。」Lenny說。

同時，生物科學家出身的Lenny更加了解科學家在實驗過程中的需求，希望研發出一個很好的工具協助科學家將實驗步驟電子化。「Protoclos.io則提供了一個非常方便的分步實驗工具。」他說。

Protocols.io創建之初就在Kickstarter上完成一次成功的眾籌，籌集資金54600美元，這筆錢加上公司從外部投資者籌集的45萬美元，以及幾位共同創始人自掏腰包的10萬美元，組成了這個項目的啟動資金。

從前，Lenny一心想做一名科學家，通過科研成果創造價值；如今，他正在創建一套工具和協作平台，幫助生物學家改進他們的研究和管理他們的職業生涯，從而提高科研效率，讓更多的實驗室創造出更大的價值。

中國有一句古話：授人以魚不如授人以漁。雖然Lenny還是很懷念從前的科研以及教學生涯，如今的他，身份已從學術工作者轉變成一個創業者，並開始發現自己正在創造更大的科研價值，這令他欣慰不已。

一間理想化的無邊界實驗室

Protocols.io的辦公場在距離伯克利校園一條街道之隔的大學路2120號，是一家匯聚了獨家高科技創業企業的聯合辦公場所，叫做WeWork。透過辦公室的大玻璃窗望出去，街道上來來往往的年輕人，許多都是伯克利的學生、教師以及研究者。

伯克利的校園並沒有圍牆，人們很難界定腳下的土地屬於這座大學還是這座城市。Lenny打開Protocols.io應用程序展示給Xtecher記者看，與此同時，正有科學家向這樣一個開放的分步實驗工具中上傳自己的實驗過程，關注這個實驗的科學家卻在地球的另一個角落實時追蹤著這位科學家的研究方向和動態，並及時加入和他的討論。

在Protocols.io平台上，科學家們可以通過內置的清單（checklist）和計時器逐步完成實驗。

它看上去更像是一個科學家的虛擬社區，而Lenny則希望可以通過生命科學這一個學科的嘗試，未來有機會將Protocols.io拓展至更多的實驗科學領域，幫助更多專業的科學家提高效率、加強交流。

起初，Lenny想創造這樣一個工具的時候，他只是搭建了一個有效溝通的開放平台，和所有「碼農」一樣，他的思路簡單、直接，但卻缺少絕佳的體驗。

後來，Denise Ting加入Protocols.io平台，作為團隊的UI/UX設計者，她來到Protocols.io團隊做的第一件事，就是親眼看看那些真正在使用Protocols.io平台的科研人員是如何在這一應用程序上進行操作的。

她來到伯克利校園，隨機找到一些Protocols.io的使用者，並仔細觀察了他們從登陸、上傳實驗、參與討論等使用Protocols.io的全過程，並向他們詢問使用感受以及需要改進的地方。

Denise優化了Protocols.io的使用流程和界面設計，從而使Protocols.io的操作頁面簡單易懂，科學家在上面討論實驗的每一個步驟，交流新方法、新思路，真正把這裡當做一個科學的交互平台。

Protocols.io幫許許多多的科學家和實驗室節省科研經費，這些也正是Lenny和他的團隊所創造的價值，但作為一個創業項目，商業模式也是不得不考慮的問題——畢竟為科研人員省下來的錢沒法到Protocols.io團隊的口袋裡。

但Alexei和Lenny並不打算向科學家收取任何費用，他們表示Protocols.io應用程序將免費為科學家開放。而目前，團隊已通過推廣實驗室設備、用品和試劑等方式實現了盈利。據Lenny介紹，科研人員可以在Protocols.io上使用手機掃描這些推廣產品的二維碼，並直接進入訂單頁面。而「實驗室對各種設備及用品的需求是數十億美元的市場」，Protocols.io是可以通過這樣的商業模式實現「造血」的。

19世紀，孟德爾通過觀察豌豆植物的遺傳特徵為遺傳學奠定了基礎，他的出版作品在他的一生中都沒能發揮影響並受到應有的重視，直到死後15年才被「重新發現」。

在Lenny看來，儘管今天不會再出現如此之久的信息鴻溝，但交流的不通暢依然存在。「信息科學發展到今天的水平，我們認為實驗室絕不應該是封閉的，科研更不應該是孤立的。」

「我們就是要搭建一個沒有牆的實驗室，讓全世界的科學家都能夠通過這個橋樑和紐帶建立起直接、有效的聯繫，真正提高科研的效率，降低重複或者無效的投入，創造真正的價值。」他說。