庖丁解牛為何只需要一把刀？

庖丁解牛的故事廣為流傳，其游刃而有餘的刀法一直為人們稱道。據《莊子》原文所述，庖丁解牛隻需要一把刀，十九年里，這一把刀解牛數千，卻依然鋒利如新。庖丁解牛時，「批大郤，導大窾」，皮骨相離聲合乎音律，依乎天理，其技藝可謂出神入化。而現代人解個牛要多少把刀？7把？11把？十年要用壞多少把刀？10把？20把？

庖丁是大神，解牛靠技術，而我們普通人要達到庖丁解牛的效果，就只能靠裝備了~現代廚房中刀具數量眾多，功能繁雜，如果有一把刀能集所有功能於一身，並且經久耐用，就像「要你命3000」一樣全面，那我們也能成為庖丁一樣的大神！同樣的，作為一名Data miner，資料庫工具數不勝數，要是能有一個集大成者~~~

Pathway Commons的主頁並不複雜，左Pathway分析，右互作分析，頁面再往下就是一些功能介紹、常用下載等等。

先看pathway分析，之前我們也介紹了不少pathway分析工具基金立項依據不夠充分？學會這招讓評審對你豎起大拇指！，基因功能通路和GO分析，你用什麼軟體做？。

Pathway Commons提供了多個資料庫來源的pathway信息，包括KEGG、Reactome等。

通過進一步篩選選項我們可以設置資料庫來源、通路中的基因數量作為篩選標準。

點擊具體通路可以顯示整個通路的所有基因，游標放在一個基因上可以顯示與之直接關聯的其它基因。

我們可以直接保存當前的信號通路圖，也可以把作用關係下載下來，到Cytoscape里進行進一步的編輯和優化，具體優化方法參看如何用Cytoscape提升文章檔次？。

接下來我們看一下互作關係分析，我們搜單個基因，可以得到類似於STRING資料庫中的檢索結果。

點擊具體基因可以查看相關的基因信息

在Settings中我們可以篩選特定的相互作用關係，以及設置作用關係強弱的閾值。

而在Context中我們可以選擇TCGA資料庫的研究數據來獲取基因在不同癌症中的基因表達信息、突變情況以及拷貝數。

錄入多個基因，可以得到它們之間的相互作用關係，如果兩個基因之間沒有直接關係，Pathway Commons會根據一定的演算法擴充新的基因來建立兩個基因間的關係。

Pathway Commons有Cytoscape的插件（CyPath2）可以下載，下載安裝方法參見ClueGO生信作圖進階技巧及實操演示。利用該插件可以直接調用Pathway Commons中的數據進行基因可視化分析。

最後我們看一下利用Pathway Commons發表的文章中的插圖。

1、Gene Network Reconstruction using Global-Local Shrinkage Priors

2、Proteome and Protein Network Analyses of Memory T Cells Find Altered Translation and Cell Stress Signaling in Treated Human Immunodeficiency Virus Patients Exhibiting Poor CD4 Recovery

小結：Pathway Commons集pathway分析、互作分析兩大功能於一身，通過前兩者分析之後還可以結合已發表研究中的數據，進行基因表達量、突變情況的篩選，篩選出來的基因再進行pathway分析，來得到與疾病關係最為密切的功能基因。

PS：第一批生信+基金手冊合輯已經由順豐發出，請童鞋們注意查收！具體情況參看今天的副本。

關注後獲取《科研修鍊手冊》1、2、3、4、5，基金篇、生信特輯

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