長鏈非編碼RNA高通量測序研究思路剖析

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很多研究人員願意做一些組學方面的研究，因為覺得操作很簡單，而且出結果很快。只需要把樣本拿到公司測序，然後分析測序結果就可以迅速發文章。但是，僅僅拿這些測序結果就可以發文章嗎？能發高分文章嗎？今天谷君將和大家探討下高通量測序的研究思路具體是怎樣的。

長鏈非編碼RNA的重要性

人的基因組中90%的基因可以被轉錄，但是只有2%的基因會被翻譯成蛋白。以前認為這98%的無法被翻譯的非編碼RNA都是沒有作用的，但是現在越來越多的研究證明非編碼RNA也具有很重要的作用。非編碼RNA一般分為短鏈非編碼RNA，和長鏈非編碼RNA。長鏈非編碼RNA（LncRNA）是指長度大於200個核苷酸的非編碼RNA。LncRNA的研究近年來很火，大概是從2010年開始以迅猛之勢增長，今年LncRNA相關的研究可能突破1000篇。從國自然申請中不難看出，LncRNA是一個熱門的申請領域。從2011年開始，國自然申請中與LncRNA相關的研究申請開始增多，在今年中標甚至達到250多份，而且它的增長趨勢也很明顯。

LncRNA對腫瘤研究的影響

關於LncRNA，無論是它的研究成果，還是它的研究趨勢都呈上漲之勢。但是為什麼它會那麼火呢？首先，LncRNA參與多種生物學過程。比如：參與發育調控，參與環境與壓力的應激，參與核糖體的合成等。就因為LncRNA參與眾多生理過程，所以它也就影響著腫瘤侵襲遷移，新生血管生成，心肌受損，肺部受損等病理狀態。因為LncRNA在生理和病理研究中重要的地位，成就了它在研究領域的重要地位。

LncRNA在腫瘤中的研究尤為重要，目前已經在很多腫瘤中發現了重要的調控LncRNA。在今年國自然中標的腫瘤標書中，LncRNA在腫瘤不同的研究領域中都有建樹。其中對腫瘤侵襲轉移的研究佔43%，其次是對腫瘤耐藥方面的研究，同時還涉及腫瘤發生，血管生成等多個方面。現在在腫瘤的研究中，對腫瘤生成的研究已逐漸被弱化，更多的是對腫瘤複發的研究，而LncRNA在這方面都有研究。鑒於LncRNA在腫瘤研究領域的重要性，對研究腫瘤的研究人員來說，把LncRNA嫁接到腫瘤研究是很有必要的。

LncRNA的調控機制

論文中只描述LncRNA的功能是遠遠不夠的，還應該對它的調控機制進行闡述，如果不能完全了解LncRNA的調控機制，部分闡述也可以給論文加分。從目前的研究來看，LncRNA主要有這樣幾個機制：對附近的基因進行調控，或者是抑制作用，或者是激活作用；反向編碼的LncRNA可以和正向編碼的RNA產生作用。還能作用於蛋白，影響蛋白的結構，露出催化亞基產生功能；輔助蛋白結合輔助物，形成蛋白複合物；與蛋白結合，運輸到細胞外，起到調節定位的作用；LncRNA還能被剪切形成小的RNA，起到作用。

LncRNA除了以上的這些機制，還有一個剛剛被發現目前比較熱門的分子機制——競爭性內源RNA（ceRNA）。但是目前ceRNA只是LncRNA分子機制的一個假說，在基因的中心法則中RNA處於被調節的狀態，但是近期的研究發現了RNA的主動調節功能。ceRNA可以調節microRNAs功能，從而影響mRNA作用。相比miRNA調控網路，ceRNA調控網路更為精細和複雜，涉及更多的RNA分子，包括mRNA、編碼基因的假基因、長鏈非編碼RNA和miRNA等，它為科研工作者提供一個全新的視角進行轉錄組研究。

ceRNA作用機制

如何利用LncRNA這一「熱點」

LncRNA是目前的一個研究熱點，如果把它引入到標書中，必定會成為一個亮點，但是怎樣才能利用好這個熱點呢？首先，從2016年的國自然鼓勵的醫學研究中來看，其中精準治療占的比重很大，而LncRNA與精準治療的相關性很大。簡單來說，精準治療就是組學研究，這勢必得清楚人體的基因、分子等工作機制，LncRNA也就是其中的一個研究節點。隨著測序技術的發展，現在高通量RNA-seq可以獲得LncRNA表達譜，這有利於LncRNA的研究。總的來說，將LncRNA植入自己的研究成為了可能。

·組學研究設計數據分析

測序數據分析是有一定套路的，首先得報告測序結果的質量怎麼樣，還需要分析有差異的基因（LncRNA的分析），對差異基因做生物信息學分析，闡述這些基因的功能。最後，還需要在差異基因中選擇一部分基因進行驗證，和對研究中的共表達進行分析。對測序數據進行分析後，還需要在整體表達情況上進行說明，通常選擇圖表形式。在對差異表達基因分析中，也可選擇圖表說明，並且可以選擇不同形式的圖從不同的方向重點闡明同一個問題。

測序數據分析流程

·文章想發高分需要做到什麼程度

1、LncRNA是近年學術熱點概念，值得投入；

LncRNA的研究熱潮是在近兩年爆發的，不僅是期刊審稿的關注度，還是國自然評審的關注度，都很極高的。無論是研究什麼領域，儘可能地加入LncRNA的概念是一個加分項。

2、利用組學研究發現新的LncRNA；

目前對LncRNA的研究很有限，如果能突破現在已有的研究成果，必定是一個重磅研究。同樣，組學的研究也很熱門，再加上測序技術的發展，利用組學的研究發現新的LncRNA也是一個研究思路。

3、想發高分文章，只有組學數據是不夠的。

隨著測序技術的進步，對基因的測序變得簡單了，組學研究中對數據的收集也比以前容易，但是，只有組學的數據是無法獲得高分的。將LncRNA和組學結合，能很好的運用數據，同時也借用了LncRNA這個熱點，會達到事半功倍的效果。

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