SLAF構建南美白對蝦高密度遺傳圖譜

本篇文章研究的物種為高雜合度的南美白對蝦，採用Illumina Hiseq 2500，PE100測序平台，SLAF-seq簡化基因組測序技術，對兩個親本及149個F1子代個體進行測序分析。

研究結果

本研究所用的群體類型是F1，149個個體，利用SLAF-seq技術對樣品進行高通量測序開發分子標記。共獲得456,620,260個reads，開發了114,829個SLAF標籤，其中多態性標記25,140個，成功編碼的高質量標記6359個，採用擬測交的原理構建了包含44個連鎖群的遺傳圖譜，總圖距為4,271.43 cM，平均圖距為0.7cM，其中雄性圖包含4201個標記，雌性圖包含4396個標記，中性圖包含6146個標記，同時對構建的圖譜進行了獨創性的圖譜評價。

白對蝦部分連鎖群

結合白對蝦生長性狀的數據分析，定位到11個與體長緊密相關的QTL位點，7個與體重相關的QTL位點，分布於不同連鎖群上，其中只有Marker 7605與兩種性狀同時顯著相關，對於後續的分子標記輔助育種具有很好的利用價值。

體長相關的QTL

利用區間作圖法，定位到體重和體長QTL共11個，共可解釋表型變異為38.56%。其中位於連鎖群33標記24250位置的QTL解釋表型變異達到17.9%，LOD值為6.5，為一主效QTL。

遺傳圖、Scaffold、BAC共線性比較

白對蝦是一個高雜合物種，其基因組含有80%的重複序列，其基因組組裝是一個很大的難題。本研究通過對遺傳圖譜、白對蝦初步組裝的Scaffold、BAC測序的序列進行共線性比較，最終使得5922個標記錨定到5885個Scaffold上，有利於後續白對蝦的基因組組裝。

參考文獻

Genome survey and high-density genetic map construction provide genomic and genetic resources for the Pacific White Shrimp Litopenaeus vannamei .

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