最特殊的奧特曼TV，消滅怪獸都要秘密的進行

奈克瑟斯奧特曼是圓谷拍攝的比較特殊的奧特曼，故事發生在距現在不遠的未來，我們人類所了解的世界看上去並沒有發生太大的變化，但是世界各地不斷有「異生獸」作亂的報告。為了暗中解決這個問題，成立了世界性的防衛組織TLT，它的日本支部被稱為TLT-J。而TLT-J的下屬組織就是夜襲隊NR（Night Raider）。他們的任務就是秘密消滅異生獸。

其他奧特曼里這種怪物一般叫做怪獸，而在奈克瑟斯奧特曼里叫做異生獸，夜襲隊負責悄悄的將其消滅，之後會消除所有看見過異生獸人的記憶。這種事情一直在秘密的進行，所以最初的時候地球人並不知道異生獸的存在。直到有一個異生獸不但襲擊人類還把人類給吃了

突然出現的異生獸對石油乙醇等東西感興趣，它在加油站襲擊了裡面的人，雖然夜襲隊趕到這裡講其消滅，但是沒有真正的消失，由於消除了現場人的記憶，被吃掉的人成了無故失蹤人口並上了電視。夜襲隊是比警察更高級的組織，所以他們做事不通知警察，警察在不知情的情況下，一直調查失蹤人口。

警局裡有一個人孤門一輝，他是專門負責救援的人，曾經隊長代替他去救人而犧牲，雖然他非常的喜歡這份工作但是這份工作還是給他帶來了壓力。直到夜襲隊的上司找到他，夜襲隊想把他吸收進來，但是所有的計劃都在地下進行。哄騙孤門去做檢查實際上在半路上將其劫持

夜襲隊把一切都搞的很神秘，把孤門打暈之後給他做了全身檢查，最後把不知所措的孤門放了回來。幾天之後夜襲隊的上司在此找打孤門，並告訴他已經被夜襲隊認可，被調到夜襲隊上班。與其他奧特曼的勝利的，塔克隊相比，這裡的夜襲隊顯得很不科學，把簡單的事情複雜化，非要把自己弄的很神秘

在孤門走馬上任的時候，在路上在此遇到之前的異生獸的襲擊，如果按照其他奧特曼的規律，孤門應該就是奧特曼的人間體，但是最初的時候卻不是他。而是一度失蹤的戰地攝影師姫矢准，在關鍵時刻他變身成奈克瑟斯奧特曼救了孤門一命。雖然異生獸被奈克瑟斯奧特曼一掌拍死，但是他的細胞卻散落世界各地。