科研快速入門，有捷徑嗎？

在現階段的評價體制下，醫（學）生做科研的出發點多種多樣，有的是無奈，迫於升職稱或者畢業的壓力不得不做，有的是興趣，是被從醫耽誤的科學家，雖然不多，卻真的存在。而科研工作主要就是三件事：實驗、論文和基金，層出不窮的熱點讓人眼花繚亂不知所措，各種高大上的實驗技術讓人望而卻步，基金則是一個提起來讓人頭痛的話題，因為有了文章還不一定能拿到基金，有高分文章也不能保證獲得資助。我們這個領域雖然開放性比較好，但是十幾年科研經歷總結下來的經驗和套路多數人是不願意分享的，因為教會徒弟，餓死師傅，與其傳授給別人，還不如自己守著自己總結的經驗刷出幾十篇文章，看著別人在掙扎，這就是現實。所以大家渴望這些經驗和套路的總結，今天我們就把這些套路進行梳理和總結。

一個從臨床問題出發的基礎課題，一般來說包括：臨床、細胞、動物和機制四個部分。

臨床部分大家最為熟悉，平時接觸到大量的病例信息，最關鍵的實驗材料——樣本也是很容易拿到的，所以只用臨床的樣本和資料也可以發文章，問題在於怎麼做才能把文章發到最高，以及能發幾篇文章。我們看到太多文章的模式幾乎是一樣的，這個模式就是套路，對於只涉及到臨床層面的研究來說，一般我們總結出來的程咬金的三板斧：差異+相關+預後或者診斷，邏輯基礎就是相關，第一步差異就是明確實驗組和對照組的差異因素，這裡的因素可以是基因分子也可以是某個我們干預的措施，也就是說某個因素伴隨著疾病的發生髮展有變化；第二步就是這個因素與疾病其它因素相關性，比如某個蛋白在動脈粥樣硬化發病時表達升高，那這個蛋白是否與血脂含量有關，因為血脂含量是動脈粥樣硬化的危險因素，如果兩者顯著相關，這個蛋白與動脈粥樣硬化的關係就更進一步了，因為可能存在蛋白——血脂含量——動脈粥樣硬化這樣的發病機制。最後我們要考慮的就是這個蛋白作為疾病診斷和預後標誌物的表現，我們常用ROC曲線來評價這個指標的靈敏度和特異性，用生存分析和單/多因素COX分析來看這個指標是否可以獨立的指征患者預後。差異+相關+預後/診斷，這個就是臨床層面研究的基本套路，我們可以看到成百上千篇這樣的文章，分數有高有低，高的5分+，低的1分，最常見的一個主題就是分子標誌物。影響分數的因素有很多，樣本量、創新性、結果好壞、分子和雜誌的選擇等等。

與臨床層面的研究不同，細胞、動物和機制層面的研究的邏輯基礎是因果關係，關係更進一步，即證明在臨床部分相關的因素是導致疾病發生髮展的原因，這也是為什麼很多研究都從臨床問題出發，但是：不是所有的臨床問題都能很好的轉化為基礎問題，因為要展開研究，細胞工具、動物模型這些都是需要成熟的，而且無論是細胞還是動物的疾病模型，只能部分模擬疾病的狀態，這也是一個比較大的局限。

從難度來說，細胞和動物比臨床要難做，最主要的問題是我們對臨床最熟悉，接觸最多。細胞和動物層面的研究，一個是體外，一個是體內，但主要圍繞的主題是功能研究。大家比較喜歡的是從細胞開始做，因為細胞層面的研究是最容易的，不過這裡有個trick，很多高手喜歡從動物開始做，原因是如果動物裡面功能做出來了，在做細胞進行驗證的時候就很容易做出來，原因有二：一是動物和人體都是整個系統的研究，二是細胞和機制在研究的時候承接性很好，細胞的功能和分子機制可以一起展開做。

具體到細胞層面，套路也可以分為三步：選細胞+因素干預+表型檢測，做研究多了後會把這三個步驟固定下來，變化的是因素，即所有的四個層面都會遇到的關鍵問題：如何選擇要研究的分子，這個問題我們最後說。一個疾病的病因太多了，所以我們選擇細胞的時候就要考慮從哪個角度展開了，比如研究腫瘤的時候我們可以選擇腫瘤細胞，微環境中的細胞（比如腫瘤相關成纖維細胞CAF），也可以選擇免疫細胞，大家最常選的是腫瘤細胞，做多了以後就會把其它的可能性忽略了，以至於看到有人研究CAF、TAM的時候認為很新，其實這是思維角度的局限。選好細胞以後，干預的因素這點大家最為熟悉的就是基因沉默、過表達，方式是siRNA和shRNA，只此一點同樣會遇到很多問題，比如基因的干擾效率很低，干擾後RNA表達有差異，蛋白表達沒有差異等等。最後是表型的檢測，關於細胞的表型，大家一般喜歡檢測增殖、周期、凋亡和自噬，其實除此之外還有太多表型了，如果把細胞當做人來考慮，除了生死之外的問題太多了，所以具體怎麼選擇要檢測的表型也是一門學問，什麼熱做什麼（比如細胞自噬）的標準太盲目。這樣的套路出來的文章也確實很多，以關鍵詞 knockdown/overexpressionpromotes/inhibits 為關鍵詞從pubmed一找一大片。

至於動物模型出發的研究，這個層面的套路基本與細胞類似：構建疾病動物模型+因素干預+表型檢測，雖然套路相似，考慮的問題卻是不一樣的，比如有人用裸鼠做Treg對腫瘤細胞的免疫抑制研究，怎麼做都做不出來，這就要考慮動物層面與臨床層面的差異了，比如免疫、基因和代謝。一個基因在物種裡面的保守性如何，大家也常常忽略，在老鼠身上好用的marker，如果人身上沒有這個基因，這個研究的意義在哪裡？除此之外，動物干預的方式要比細胞多，因為我們可以直接用修飾過的細胞進行干預，比如基因敲除或者改造過的間充質幹細胞治療肺損傷。還有就是動物實驗非常看重分組和對照，假手術就是其中一個關鍵的分組。不過，動物實驗有個好處：文章的分數可以發的很高，而且有很多雜誌特別喜歡這種「套路」的研究，只要言之有理就可以發表。

最後一個層面分子機制，是大家最怵的，分子和生化是很多醫學生的噩夢，對此我們已經寫過很多文章進行總結了：

（策略篇）三分天下：分子機制研究的三種模式；

在這篇文章中，我們把分子機制的研究分成了五步，對大家來說只要到第二步驟：把信號通路和明星分子檢測到就足夠把文章發到5+了，第三步圍繞中心法則的轉錄和轉錄後機制研究是一道門檻，跨不過這關，高分文章難發，基金也難中。

說完四個層面，我們說一下最後一個關鍵問題：如何確定要研究的關鍵分子？在（策略篇）千里挑一：挑選差異基因的七點策略一文中，我們說到了七個原則，總結下來就是三點：從文章中選，基於高通量組學的數據選，基於資料庫選。文章選擇的角度是分子的新舊和前期研究的重要性，高通量組學的數據是一個寶庫，但是也太多太複雜，所以很多人把晶元、測序的結果爛到手裡了，用好這個寶庫至少可以發5篇文章出來，我們也介紹過很多經驗，很多高分文章的第一步就是做晶元或者測序+生信分析從而尋找關鍵分子。當然，這種組學的數據也是可以發到5分以上的非PMOS雜誌的，只是需要大家挑選雜誌而已。最後一個從資料庫中挑選就更簡單了，除了TCGA這種腫瘤的資料庫外，GEO是另外一個寶庫，收錄的信息除了基因表達外，還有SNP、甲基化、CHIP等很多數據大家都沒有挖掘，數據挖掘好，發篇Oncotarget都不是話下，挑個關鍵的基因還難么？

上面這些套路基本涵蓋了我們做基礎科研所涉及到的層面，更加詳細的內容我們已經錄製成了課程「零基礎發表1-3分文章的四個套路」，在課程裡面我們會對這些問題進行更加詳細的說明，課程包括了臨床、細胞、動物和高通量組學四個部分，每個部分包括了套路介紹、文章案例解讀（三篇經典文章的思路解讀）、資料庫使用（最好最經典的資料庫以及文章數據還原）、實例展示如何分析與作圖（文章中各種圖的繪製和排版）、從結果到成文（每個套路給出了40-50篇參考文章）、雜誌選擇與投稿（如何選雜誌以及推薦的雜誌）和關鍵問題注意事項這七部分，共55節課，課程時長18小時，只講最好的。

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