腫瘤基因檢測之常見問題解答
一、患者情況：
患者是一個非小細胞肺鱗癌患者，多次化療，身體已經不能耐受，按照醫院的說法是準備一輪接一輪的化療換，看哪個管用。患者家屬希望看能找到靶向藥物不，患者曾經盲試過易瑞沙，但是效果不好。
解答如下：
非小細胞肺鱗癌的患者在EGFR基因突變頻率比較低，雖然研究表明非小細胞肺鱗癌患者EGFR基因突變，使用相應的TKI藥物也是有效的，但EGFR基因突變在鱗癌的頻率沒有腺癌的高，腺癌的患者可以盲試，有35%以上的概率有效，鱗癌患者不建議盲試。
非小細胞肺鱗癌患者的基因突變比較多的是FGFR1擴增，DDR2突變和PIK3CA突變，晚期患者也見過其他基因突變如CDKN2A等，這些基因突變都是有相應的靶向藥物的，因此不建議模仿肺腺癌的治療措施，而是選擇基因檢測的方式找到什麼突變，再使用相應的靶向藥物。
給患者家屬解釋了不同產品的優劣勢，十幾個基因，幾十個基因和幾百個基因的差異。最後患者家屬選擇使用幾百個基因的去檢測，原因是晚期患者的基因突變比較多，要不只是檢測到藥物的敏感性突變，還得看看直接或間接影響藥物療效的基因、耐葯基因突變情況，這樣才能更好地指導選擇藥物。當然在我們癌度的愛心補貼下，幾百個基因的檢測相比幾十個基因檢測價格差異不是特別大，而且幾百個基因的篩查範圍更大，能夠更有把握找到相應的基因突變。
使用組織樣本，還是血液樣本，不得不說這是個兩難的問題，從基因檢測公司和個人來說，都會優先推薦使用組織樣本，因為癌細胞就在那裡，不會存在測不到的情況，給到患者一份檢測報告，基因檢測公司也就是完成了義務，但是事情並沒有結束。
我記得很清楚的一個例子，那個患者使用新長的病灶測到了基因突變，藥物很有效，大部分病灶都被控制了，就是肝部病灶瘋長，這就是腫瘤的異質性。因為不是每一個病灶的基因突變都是一樣的，組織樣本存在取樣偏差，這是不可避免的情況。我曾設想如果患者使用外周血，會不會把肝部那個病灶的原因給找到呢。過去的事情不能重複，只是我在推薦使用什麼樣本時有了更多的考慮，盡量把兩種樣本的優缺點告知患者和家屬，由他們權衡決定。
祝福這個群體，在狡猾的癌魔面前，有了基因檢測，可以努力爭取更好的可能。
二、患者情況：
患者診斷為非小細胞肺腺癌，檢測到KRAS有突變，下一步的靶向藥物該如何選擇。
解答如下：
KRAS基因突變占非小細胞肺癌（NSCLC）總數的20-30%，肺腺癌較高，肺鱗癌中不常見，KRAS基因突變主要發生在外顯子2、3、4上，KRAS基因突變會導致對上游EGFR靶點耐葯，即腫瘤細胞增殖信號出現了短路行為。KRAS基因在結直腸癌中突變頻率也很高，一般腸癌中使用愛必妥時需要檢測KRAS基因的突變情況。
KRAS處於EGFR下游，如果KRAS基因突變，其對結合在EGFR胞外區發揮藥效的西妥昔單抗和帕尼單抗會產生抗性。如KRAS密碼子12、13發生突變的結直腸癌患者對於西妥昔單抗和帕尼單抗無應答，總體生存率明顯低於野生型KRAS患者。
KRAS基因外顯子2、3 變異對EGFR TKI 類藥物敏感性降低，即吉非替尼、厄洛替尼的效果受限。
目前並沒有治療KRAS基因突變的晚期非小細胞肺癌藥物，各大公司的研究重點也都集中在KRAS的下游通路上，如MEK。MEK1/2的靶點藥物有曲美替尼，司美替尼，MEK162。另外則是安卓健，是台灣的一種提取物，效果不是很確定，有報道說效果較好。
三、患者情況：
患者EGFR蛋白高表達，即免疫組化陽性（3個加號），但是未做基因檢測，可否使用易瑞沙或特羅凱。免疫組化顯示EGFR陽性是否是使用TKI的有效預測指標？
解答如下：
EGFR蛋白高表達是指蛋白還是那個蛋白，結構沒有改變，只是數目變多了，這個需要使用愛必妥等抗體藥物封住多餘EGFR胞外受體。
EGFR基因擴增，一般就意味著EGFR蛋白會有表達高的情況出現，因為DNA的模板多了，基本上蛋白表達就會高。
EGFR突變是指EGFR的某些DNA區域發生了突變，如19外顯子缺失，21外顯子的置換突變，導致EGFR酪氨酸酶結構域改變，酶活性增強，而易瑞沙等正好與突變的酶活性結構域結合較好，與正常的EGFR蛋白酶結構域結合較弱，起到了靶向治療的作用。
EGFR的蛋白高表達和EGFR的基因突變是兩類不同的突變類型，選擇的靶向藥物也是不同的。一般大的醫院不會推薦免疫組化EGFR陽性的患者使用易瑞沙的。而且研究發現EGFR在DNA水平的擴增其實是TKI耐葯的原因。
註：EGFR的過表達在許多腫瘤類型中都可以觀察到，用免疫組化（IHC）法檢測可以發現超過60%的肺癌患者均存在EGFR過表達，其與較差的預後有關。然而IHC檢測EGFR的表達的結果並不能預測TKI的療效。
BR.21研究中，IHC陽性與IHC陰性患者厄洛替尼的有效率分別為11.3%與3.8%（P=0.10），無統計學意義（參考文獻2）；ISEL研究中，IHC陽性與IHC陰性吉非替尼的有效率分別為8.2%與1.5%，亦未體現出明顯差異；同樣的結果在SATURN研究和IPASS研究中也得到了驗證（參考文獻3,4）。
四、患者情況：
有不少患者和家屬諮詢抽血做基因檢測的準確度，是否靠譜等。由於很多患者晚期多處轉移，病灶不是很好取，再就是穿刺去組織樣本具有一定的創傷性，會引起氣胸等併發症。所以抽一管靜脈血做基因檢測，這不管是從體驗上，還是其他方面都引起了患者和家屬興趣。
但是故事剛剛開了個頭，隨著很多患者交上了那麼一大疊鈔票，翹首期盼地盼了十幾天，得了一個全陰性的報告，也就是推薦的靶向藥物是零。那熊熊燃燒的熱火頓時被澆了個透心涼。於是一片懷疑聲音開始出現，外周血做基因檢測是否準確，靈敏度如何？是否靠譜？
這裡首先需要解釋的是外周血做腫瘤基因檢測的原理
原理就是癌細胞在人體內不斷地分裂，但是又受到藥物、免疫系統的攻擊，以及癌細胞之間的競爭等因素，很多癌細胞裂解了，其內容物DNA片段釋放到血液里，這個叫循環腫瘤DNA（也叫ctDNA），當然正常的人體細胞也會裂解釋放DNA，所以外周血里的DNA碎片一部分是腫瘤細胞裂解的，一部分是正常細胞裂解的，其中腫瘤細胞裂解的DNA占的比例在1%，這個比例是很低的，所以抽外周血做基因檢測，如果測序深度在300乘，就不要做了，根本沒有什麼意義，至少的測序深度要在1000乘。
至於準確率問題，因為採集的一管靜脈血，測的是血漿裡面的游離DNA（測序深度至少在1000乘），同時會對離心得到的白細胞進行同樣的測序（一般測序深度為300乘），白細胞的測序數據會把血漿里正常細胞裂解的DNA片段信息給過濾掉，只去分析腫瘤細胞裂解和釋放的DNA片段。所以一般大的基因測序公司抽血給出的基因突變都是靠譜的，確實是來源於腫瘤細胞的。但問題是很多時候，不是每一次都能檢測到腫瘤細胞裂解釋放的DNA，主要是濃度太低了。
我們繼續把故事說下去，外周血里的游離DNA並不是一直存在的，它們會被血液里的DNA酶給降解掉，研究認為4小時就有一半的DNA被降解了。所以血液里的DNA碎片是不斷地被生產出來，又不斷地被降解。是一個動態的循環過程。這樣給出了一個抽血做基因檢測的前提調節，患者的腫瘤病灶如果沒有進展，比如剛做完手術，病情穩定期，那麼血液里是沒有腫瘤細胞裂解釋放的DNA的，抽血檢測也是檢測不到的。
患者在打化療時，為何影響了抽血做基因檢測？
化療藥物通過抑制DNA合成、複製等機制來殺滅癌細胞的，當然也殺滅正常細胞。當用過很多化療時，人體內那些活躍代謝的癌細胞都被殺光了，留存的是那些處於休眠期的癌細胞，此時抽血做基因檢測，當然也是檢測不到好的結果的。
患者在使用靶向藥物時，是否會影響抽血做基因檢測？
原則上是有影響，但不如化療那麼關鍵，而且靶向藥物治療時，血液里腫瘤的DNA，一部分是自己裂解釋放的，另一部分是靶向藥物攻擊殺滅的癌細胞裂解釋放的，所以這兩部分癌細胞的DNA檢測出來都是有意義的。而且患者也不可能完全空窗期，一個月什麼治療也不使用，就等著基因檢測，這也是不現實的。
鑒於以上的原因，抽血做基因檢測確實是不容易，不過如果注意了以上的一些問題，對於肺癌、乳腺癌、腸癌等患者，抽血做基因檢測的準確率還是很高的。
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參考文獻：
1、EGFR-TKI治療晚期非小細胞肺癌——腫瘤個體化治療的典範，徐慧婷，臧愛華
2、Shepherd FA,et al. Erlotinib in previously treated non-small-cell lung cancer[J]. N Engl J Med, 2005,353(2): 123-132.
3、Brugger W, et al. Prospective molecular marker analyses of EGFR and KRAS from a randomized, placebo-controlled study of erlotinib maintenance therapy in advanced non-small-cell lung cancer[J]. J Clin Oncol, 2011, 29(31): 4113-4120. Erratum in: J Clin Oncol, 2011, 29(35): 4725.
4、Fukuoka M,et al. Biomarker analyses and final overall survival results from a phase III, randomized, open-label,first-line study of gefitinib versus carboplatin/paclitaxel in clinically selected patients with advanced non-small-cell lung cancer in Asia (IPASS) [J]. J Clin Oncol, 2011, 29(21): 2866-2874.
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