重慶郵電大學白明澤博士研究成果在國際頂級生物學期刊上發表
5月9日,作為《Nature》子刊的國際頂級生物學期刊《Nature Biotechnology》(該期刊的最新影響因子為43.113,在全球期刊中影響因子排名第五)在線發表了重慶郵電大學生物信息學院白明澤副教授作為共同第一作者,與歐洲生物信息研究所、國家蛋白質科學中心(北京)、加利福尼亞大學洛杉磯分校等來自全球四大洲的研究人員合作研究的最新成果——《Discovering and linking public omics data sets using the Omics Discovery Index》,文章的共同通訊作者是歐洲生物信息研究所、國家蛋白質科學中心(北京)分子系統課題組PI Henning Hermjakob研究員,重慶郵電大學兼職碩士生導師。
目前,組學數據正以前所未有的速度生產。這提出了許多新的挑戰,包括如何尋找合適的方法來連接相關聯的組學數據集、為分布在多個獨立數據資源庫的數據集提供集中的檢索和訪問入口等。
針對這些問題,該研究成果中提出了一個整合多組學數據集的發現索引「OmicsDI Discovery Index」(OmicsDI, http://omicsdi.org),該索引目前提供了來自15個生物組學資料庫的80,000多個數據集的訪問服務,它除了可以進行元數據搜索以外,還提供數據集使用度量、跟蹤數據重用功能,並開發了新的相似性計算方法為使用者推薦與當前數據集有關的、感興趣的數據集,從而有效提高組學數據集的利用效率。
隨著基因組學、蛋白質組學等的飛速發展,組學大數據的利用和解析在生命科學研究和生物醫藥產業的重要作用日益凸顯。重慶郵電大學生物信息學研究所將依託校內信息科學在大數據領域的優勢力量,與國內外同行合作致力於高效生物信息學軟體的開發,繼續在組學數據收集挖掘等領域開展基於大數據存儲與分析、深度學習等方法進行生物知識挖掘的研究。目前,白明澤老師正和科研隊伍一起進行OmicsDI第二版的開發工作,將該成果進一步優化升級。
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