重磅！FDA發布兩份NGS體外診斷指南

知識 07-09

生物探索

編者按

近日，美國國立衛生研究院宣布投入5500萬美元用於精準醫療計劃，並建立至少包含100萬名志願者的全國精準醫療研究，同時FDA公布了兩份NGS體外診斷指南草案。

重磅！FDA發布兩份NGS體外診斷指南

指南一：《基於NGS的遺傳性疾病體外診斷指南》

重磅！FDA發布兩份NGS體外診斷指南

第一份指南標題為《基於NGS的遺傳性疾病體外診斷指南》，分為八部分，包括前言、背景、範圍、遺傳性疾病NGS檢測的分類和上市前審查、遺傳性疾病NGS檢測涉及的要素、遺傳性疾病NGS檢測的設計、開發和驗證指導建議、修正和其他資源。

範圍

該指南將為遺傳性疾病的NGS檢測提供設計、開發及驗證指導建議；測試開發人員可遵循該指南為檢測方案的上市做準備；該指南中的建議適用於遺傳性疾病的檢測，無論結果直接面向患者還是醫務人員均可適用，但當檢測結果直接面向消費者時，需增加額外的建議和管理。

該指南不適用於僅以診斷為目的的NGS檢測，也不適用於以篩查、微生物基因檢測、風險預測、細胞游離DNA檢測、胎兒檢測、胚胎植入前遺傳檢測、腫瘤基因組檢測、RNA測序或伴隨診斷為目的的檢測，因為這些檢測具有該指南未包含的其他特徵。

遺傳性疾病NGS檢測的分類和上市前審查

迄今為止，FDA已了解了部分單基因疾病、疾病特異性、靶向檢測及NGS檢測等。然而，FDA未曾對遺傳性疾病NGS檢測進行分類，因此該類檢測在法律中被自動歸為III類，目前還未有合法的市場管理來審查NGS檢測上市前的通知。因此，該指南草案考慮將基於NGS的遺傳病檢測歸為II類檢測以及免除上市前通知的要求。從長遠來看，FDA考慮如何將這些指導建議製成標準規範，以及能否通過FDA的特殊管理來豁免上市前通知的規定。根據該指南，目前這類檢測必須獲得FDA批准後才能上市。

遺傳性疾病NGS檢測涉及的要素

基於NGS的臨床檢測通常涉及到試劑、耗材、儀器和軟體。不同的檢測目標對應著不同的試劑、耗材、儀器和軟體，因此不同的NGS檢測有不同的設計方案和工作流程。

遺傳性疾病NGS檢測的設計、開發和驗證指導建議

指南指出，開發人員首先應該確定檢測的適應症，因為這決定了檢測的方向；在確定適當的檢測性能時，開發人員應該前瞻性地確定研究類型以及閾值。在檢測的設計和開發完成之後，應進行試驗驗證是否達到預定義的效果。若驗證結果中有一項未達到要求，則必須對試驗進行修改並重新驗證，直到驗證結果達到預定義的性能為止，設計、開發和驗證是一個周期，應時刻保持完整。在此過程中，開發人員應該記錄所有的檢測行動、決定和結果，以及執行這些檢測的理由。

修正

重新評估檢測性能之前總要先進行試驗修正，FDA對試驗修正提出了以下幾點建議：

應準備好與試驗修正有關的所有文檔，包括協議，例如軟體更新和其他生物信息學渠道的修正；

在修正試驗之前，應該先準備好能生效的詳細SOP，SOP文件應表明預期的修改方案以及修改試驗相關的補充程序，包括後續使用的驗證研究類型、必須達到的性能指標和閾值；

利用足夠量的特徵樣本進行二次驗證，記錄樣本的數量和類型，並說明選擇這些樣本的理由；

記錄修正後使用的驗證研究類型，並記錄修正後的測試性能；

恰當時期重新生效整個檢測方案；隨著時間的推移，若需進行多重修正，應分別評估每一次修正以及多次修正整合後的結果；

若在現有panel中添加新的基因，應對panel上的原始基因進行評估檢測和文檔記錄。若修正後的測試未達到要求，則要重新設計檢測方案；

應準備一個程序來解釋內部和外部資料庫的更新以及這些更新對臨床變體解釋的影響。記錄每一次更新，包括名稱、位置和新版本的資料庫。

指南二：《使用公共人類遺傳差異資料庫來支持基於NGS的體外診斷的臨床有效性》

第二份指南為《使用公共人類遺傳差異資料庫來支持NGS體外診斷的臨床有效性》，該指南分為五部分，包括前言、背景、範圍、建議將人類遺傳變異資料庫中的公開數據作為NGS檢測臨床有效性的科學證據、FDA基因變異資料庫的識別過程。

該指南中所討論的遺傳變異資料庫只包括人類遺傳變異，不包含用於微生物基因組鑒定、抗菌素耐藥性檢測以及標記毒性的資料庫，本指南對分類和解釋遺傳變異的軟體也不適用。