circRNA研究，12月有哪些新進展？

大家2017年好！歡迎來到環狀RNA研究新進展盤點。那麼，12月circRNA又有了哪些新文章新進展發布？2016年的最後一個月會有怎樣的驚喜等著我們？一起來看看吧。

1、血液中的環狀RNA與血漿蛋白因子組合用於先兆子癇的早期預測

Circular RNA in blood corpuscles combined with plasma protein factor for early prediction of pre-eclampsia.

BJOG，IF=4.039

為了確定懷孕婦女在懷孕20周之前的血液中的環狀RNA（circRNA）的表達，並創建一個新的模型來識別circRNA結合蛋白質因子的早期診斷先兆子癇（PE）的性能。本次實驗中共招募1400名妊娠在8-20周的孕婦。其中有41名先兆子癇的孕婦，並與41名正常孕婦基於孕婦年齡和孕齡同等大小比例匹配。

在發現階段使用人circRNA微陣列分析樣品，然後驗證circRNA和血漿蛋白因子內皮因子（ENG）。最後，結合ENG與circRNA創建一個新的早期預測先兆子癇（PE）的模型。結果顯示先兆子癇（PE）患者血液中circ_101222水平顯著高於健康對照組（P

環狀RNA與血漿蛋白可能對先兆子癇（PE）具有預測價值（如circ_101222和ENG）。當將血漿蛋白與circRNA組合使用時，這些因素中的每一個的性能得到加強。 這些初步的結果均需要更多的研究和其他驗證。

2、與衰老相關的環狀RNA的鑒定揭示衰老抑制物CIRCPVT1

Identification of senescence-associated circular RNAs (SAC-RNAs) reveals senescence suppressor CircPVT1

Nucleic Acids Res，IF=9.202

本文使用RNA測序（RNA-Seq）比較了增殖（早期傳代）和衰老（晚期傳代）人類二倍體WI-38成纖維細胞中的環狀RNA的表達模式。在差異表達的衰老相關的環狀RNA（SAC-RNA）中，作者鑒定了因PVT1基因外顯子的環化所產生的CircPVT1，發現其在衰老成纖維細胞中的表達水平顯著降低。另外，減少CircPVT1在增殖成纖維細胞中的表達水平會觸發衰老——通過提高的衰老相關的β-半乳糖苷酶的活性、高丰度的CDKN1A / P21和TP53以及下降的細胞增殖確定的。

雖然部分microRNAs被預測結合CircPVT1，只有let-7被發現在內源性CircPVT1下降後富集，表明CircPVT1可能選擇性調節let-7活性，從而使let-7調控mRNAs的表達。報告分析顯示，CircPVT1會減少可利用的let-7的細胞庫，並拮抗內源性let-7引發細胞增殖。重要的是，沉默CircPVT1會促進細胞衰老但let-7功能受損後增殖表型會發生逆轉。因此，通過沉默CircPVT1將減少了由let-7的靶mRNA編碼的幾種防止衰老的增殖性蛋白（例如IGF2BP1，KRAS和HMGA2）的水平。研究結果表明與衰老相關的環狀RAN（SAC-RNA ）CircPVT1在分裂細胞中升高、在衰老細胞中減少，隔絕let-7能實現增殖表型。

3、ACFS:從RNA測序數據中準確鑒定和定量環狀RNA

Acfs: accurate circRNA identification and quantification from RNA-Seq data

Sci Rep，IF=5.228

環狀RNA是一組閉環形式的單鏈RNA。它們是剪接產生的，在各種組織中廣泛表達並且在發育和疾病中具有功能性影響。為了促進使用RNA測序數據的環狀RNA的全基因組表徵，本文提出了一個名為Acfs的免費軟體包。 Acfs允許從頭測序，從單端和雙端RNA測序數據中準確快速鑒定以及定量環狀RNA丰度。在模擬數據集上，Acfs在當前最先進的工具中實現了最高的F1精度和最低的錯誤發現率。在現有的數據集中，Acfs有效地識別更多真正的環狀RNAs。此外，本文展示了在2個白血病數據中環狀RNA的分析能力。本文確定了一組在AML和APL樣品之間差異表達的環狀RNA，這可能使用環狀RNA譜來闡明複雜疾病的潛在分子分類。此外，如在許多疾病中表現的染色體易位，不僅可以產生融合轉錄物，而且可以產生臨床相關的融合環狀RNA。Acfs具有的高精度、低FDR和識別融合環狀RNA的能力，本文認為其非常適合廣泛應用於鑒定從非模式生物到癌症生物學中的環狀RNA。

4、在泛素結合酶中的缺陷UBE2A在阿爾茨海默病（AD）中與天然環形MIRNA-7海綿中的缺陷（CIRCRNA; CIRS-7）相關

Deficiency in the Ubiquitin Conjugating Enzyme UBE2A in Alzheimer"s Disease (AD) is Linked to Deficits in a Natural Circular miRNA-7 Sponge (circRNA; ciRS-7).

Genes (Basel)，IF=3.242

我們對人類中樞神經系統（CNS）轉錄組中的小非編碼單鏈RNA（ssRNA）的高度專業化的功能的理解不斷發展。環狀RNA，一類最近發現的在大腦和視網膜中富含的ssRNA類，是極其穩定的，並且對於外切核酸酶的降解具有固有的彈性。需要游離核糖核苷酸末端的ssRNA，miRNA或mRNA檢測和定量的常規方法可能顯著低估CNS環狀RNA在CNS中的數量和顯著性。高度特異性小ssRNA，例如?23nt的hsa-miRNA-7，不僅在人邊緣系統中豐富，而且還與?1400nt環狀RNA相關的miRNA-7（ciRS-7）在相同解剖區域。在結構上，ciRS-7含有約?70個串聯抗miRNA-7序列，並且作為內源的、抗互補的miRNA-7「海綿」，其具有吸引、結合并因此猝滅天然miRNA-7的功能。使用DNA和miRNA陣列技術的組合，增強的LED- Northern和Western印跡雜交，以及鎂依賴性核糖核酸外切酶和circRNA-敏感探針RNaseR，在這裡文章提供了在散發性阿爾茨海默病（AD）新皮層（Brodmann A22）和海馬CA1中明顯錯誤調節的ciRS-7-miRNA-7-UBE2A通路的證據。ciRS-7介導的「海綿狀事件」中的缺陷，導致過量的環境miRNA-7似乎驅動了miRNA-7易感mRNA靶標表達的選擇性下調，例如編碼泛素綴合酶E2A (UBE2A）。UBE2A通常用作泛素26S蛋白酶體系統中的中樞效應物，通過蛋白水解協調澱粉樣蛋白肽的清除，已知其在散發性AD腦中耗盡，因此有助於澱粉樣蛋白積累和老年斑形成 。 circRNA-miRNA-mRNA調節系統的功能障礙似乎代表了由散發性AD過程靶向的人CNS中致病性基因表達程序的另一個重要的表觀遺傳控制層。

5、環狀RNA在老化小鼠腦中的積累

CircRNA accumulation in the aging mouse brain.

Sci Rep，IF=5.228

環狀RNA是新近認可的跨不同門表達的RNA類型。這些神秘的轉錄物最通常由蛋白質編碼基因的外顯子的反向剪接事件產生。由於缺乏游離5"和 3" 末端而導致高度穩定的RNAs。環狀RNA在神經組織中富集，表明它們可能有神經功能。這裡，作者設法確定環狀RNA的積累是否發生在老齡期的老鼠。作者進行了年輕（1個月大）和老年（22個月大）老鼠的皮層、海馬和心臟樣品的總RNA測序。這導致在這些樣品中6,791個不同的circRNA的可靠檢測，包括675個新型circRNA。分析發現在老化期間神經組織中的circRNA上調的強偏差。通過RT-qPCR和Northern的分析來驗證個體circRNA的這些年齡累積趨勢。相比之下，老年與年輕的心臟的比較未能揭示circRNA上調的全球趨勢。發現在腦組織中circRNA的年齡積累在很大程度上獨立於宿主基因的線性RNA表達。這些研究結果表明circRNAs可能發揮與老化的神經系統相關的生物學作用。

6、環狀RNA生物學見解

Insights into circular RNA biology.

RNA Biol，IF=4.076

環狀RNA表達具有細胞類型和組織特異性，並且可以在很大程度上獨立於線性宿主基因的表達水平，表明表達的調節可能是關於控制環狀RNA功能的重要方面。文中給出定義環狀RNA的特徵的簡要介紹，並隨後討論推定的生物發生途徑和環狀RNA表達的調節器以及發生環狀RNA形成的階段。 作者還將提供環狀RNA功能的簡要總結，最後是關於環狀RNA生物學的未回答的問題的前景。

7、增加物種進化過程中CIRCRNA表達的複雜性

Increased complexity of circRNA ex pression during species evolution.

RNA Biol，IF=4.067

最近的研究表明了環狀RNA表達的細胞/組織特異性方式，然而，環狀RNAs在物種之間的獨特的表達模式及其基礎機制仍有待探討。本文系統地比較了人類和小鼠的環狀RNA的表達，發現只有一小部分人類環狀RNA可以在平行的小鼠樣本中確定。人和小鼠之間的保守的環狀RNA表達與在兩個物種中側向反向剪接的外顯子的內含子中存在取向相反的互補序列，而不與環狀RNA序列本身存在相關。利用互補序列索引（CSI）跨越環狀RNA側翼內含子量化通過反向互補序列能力配對的RNA，發現，在所有類型的互補序列中，SINEs，特別是人中的Alu元件，對環狀RNA形成的貢獻最大，同時，跨物種的分布導致了物種進化過程中環狀RNA表達複雜性的增加。總的來說，文中兼具綜合性及比較性的環狀RNA參考目錄揭示了在不同的物種中一對一的環狀RNA表達的特定模式並暗示了過去未曾充分認識的快速演化的SINEs對（circRNA）基因表達調控的影響作用。

8、環狀RNA譜證實CIRCPVT1作為胃癌中的增殖因子和預後標記物

Noncoding RNAs in Heart Failure.

Cancer Lett，IF=5.992

環狀RNA（circRNA）包含一類新的廣泛的非編碼RNA，其可以調節真核生物中的基因表達。 然而，環狀RNA在人類癌症中的表徵和功能仍然難以捉摸。 本文確定至少5500個不同候選環狀RNA和一系列環狀RNA在胃癌（GC）組織與匹配的正常組織中的差異表達。 本文進一步表徵了來自PVT1基因的一個環狀RNA，並將其稱為circPVT1。circPVT1在胃癌組織中表達上調是由於其基因組位點的擴增。 circPVT1可通過作為miR-125家族成員的海綿體來促進細胞增殖。 研究circPVT1的表達水平作為胃癌患者總體存活和無疾病存活的獨立預後標誌物。 研究表明circPVT1是在胃癌中的一種新型增殖因子和預後標記。

9、心臟衰竭中的非編碼RNA

Circular RNA in blood corpuscles combined with plasma protein factor for early prediction of pre-eclampsia.

Handb Exp Pharmacol，IF=？

心力衰竭是全世界醫療負擔和死亡的主要原因。當前的治療策略能夠減緩健康心臟向失敗心臟的過渡;然而更好地理解失敗心臟中適應不良重塑的複雜遺傳調控是新藥物發現的關鍵。非編碼RNA是心臟基因表達的關鍵表觀遺傳調節因子，因此顯著影響心臟穩態和功能。在本文中作者討論了非編碼RNA，特別是miRNA，長非編碼RNA和環狀RNA的特徵，並且回顧最近的證據、不同階段的心力衰竭進展。幾個公開性的問題仍然妨礙著非編碼RNA調節治療在診所的廣泛使用，但它們正成為定義心臟新的調節機制的有吸引力的目標。深入研究它們與基因網路的相互作用將改進我們目前的心力衰竭觀點，並在未來幾年改變藥物開發。

10、環狀RNA在結直腸癌中的差異表達的綜合概況揭示HSA_CIRC_0000069表達上調和促進細胞增殖、遷移、侵襲

Comprehensive profile of differentially expressed circular RNAs reveals that hsa_circ_0000069 is upregulated and promotes cell proliferation, migration, and invasion in colorectal cancer.

Onco Targets Ther，IF=2.272

如今，儘管在癌症研究方面取得了巨大進步，但結直腸癌（CRC）的詳細機制仍然知之甚少。 環狀RNA已經被鑒定為各種癌症中的關鍵調節器，包括CRC。

在這項研究中，通過使用無監督層次聚類分析，發現一個新型異常環狀RNA，hsa_circ_0000069。 使用定量Q-PCR在30個配對的CRC組織和相鄰的非癌組織中測定hsa_circ_0000069的表達。在CRC組織中觀察到hsa_circ_0000069的高表達，並與患者的年齡和腫瘤、淋巴結、轉移（TNM）階段相關（P

這項研究的結果是第一個證明hsa_circ_0000069在癌症進展中是重要的調節器，可能是結腸直腸癌診斷和治療的有前途的目標。

11、環狀RNA功能鑒定

Emerging Functions of Circular RNAs.

Yale J Biol Med，IF=？

最近通過轉錄組範圍測序在後生動物基因組中鑒定了數千個環狀RNA。 大多數環狀RNA通過來自蛋白質編碼基因的外顯子的反向剪接事件產生。 最近在理解全基因組表達模式、生物發生和環狀RNA的調節方面取得了很大的進展。 然而，迄今為止，已經鑒定了的環狀RNA功能依然很少。環狀RNA優先在神經組織中表達，一些在突觸中發現，暗示了神經系統中可能存在其功能。 已經發現了數種環狀RNA作為microRNA「海綿」起作用以抵消microRNA介導的mRNA抑制。 環狀RNA新功能的出現，包括蛋白質螯合，轉錄調節和癌症中的潛在功能。在這裡，本文強調了最近在理解環狀RNA的生物發生和調控，討論新發現的環狀RNA功能，解釋揭示這些RNAs更多令人興奮和意想不到的角色的方法進展。

來源：永諾生物

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