Bioinformatics：新型軟體或可使CRISPR方法變得更加簡單

2017年1月3日 訊 /生物谷BIOON/ --日前，一項刊登在國際雜誌Bioinformatics上的研究報告中，來自瑞典卡羅琳學院和哥德堡大學的研究人員通過研究開發出了一種名為「Green Listed」的基於網路的新型軟體，其能夠促進CRISPR方法學的利用，目前該軟體能夠通過網路免費獲取。

細胞是構成有機體的微小組成部分，人類機體中的細胞數量是地球上人口數量的100倍，這些細胞中絕大多數成分都是長鏈的DNA，DNA鏈能夠影響細胞的不同外觀以及行為，而CRISPR技術是一種用於快速研究DNA不同組成部分對細胞影響的新型基因編輯方法，利用這種新型「基因魔剪」，研究者們就能夠對人類疾病的發病原因進行深入研究，並且開發出治療疾病的新型策略。

研究者Fredrik Wermeling表示，我們能夠利用CRISPR方法來對免疫細胞和癌細胞進行研究，我們的目標就是開發新型療法來治療免疫系統相關疾病的患者，比如關節炎和癌症等。CRISPR方法是基於很多細菌中存在的一種自我防禦系統，近些年來很多研究者開始關注該方法的應用，利用CRISPR的一種強大方法就是同時對DNA的不同部分進行研究，俗稱為CRISPR篩選研究，Green Listed能夠特異性地促進這種類型大規模的研究。

研究人員指出，通過在我們的研究中實現CRISPR方法學，我們就能夠解釋很多我們進行很多年研究用於闡明的現象，而這主要同CRISPR篩選實驗相關，在這類實驗中研究者能夠平行地修飾來自分離細胞中大量DNA的選擇部分，而該軟體能夠有效地簡化該過程，同時對於實驗進行也至關重要。

DNA是研究者們經常使用的一種抽象概念，研究者認為，探索DNA奧秘的方法就類似於細胞隨身攜帶的「食譜」一樣，組成細胞的組分或許並不相同，因為細胞以不同的方式利用了不同的信息來進行了自我組建，從一定程度上來講，很多疾病或許都能夠通過DNA的特殊改變來進行解釋。與「食譜」的隱喻一樣，「食譜」中的一種或多種配方都有可能被改變，如果改變了「食譜」中的某一種配方就會使得終產物變得不同，比如將一勺子糖改成了一勺子鹽，利用CRISPR方法，研究者們就能夠對單一的離體細胞進行快速改變，從而來深入研究疾病的發生根源。

該研究由瑞典研究理事會等機構提供資助，後期研究者們還將繼續深入研究，基於該軟體來探索新方法深入研究人類疾病發病機理，並為後期科學家們開發新型疾病療法提供思路和希望。（生物谷Bioon.com）

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doi:10.1093/bioinformatics/btw739

PMC:

PMID:

Green Listed – A CRISPR Screen Tool," OUP accepted manuscript

Sudeepta Kumar Panda, Sanjay V. Boddul, Guillermina Yanek Jiménez-Andrade, Long Jiang, Zsolt Kasza, Luciano Fernandez-Ricaud, Fredrik Wermeling