微生物測序樣本準備難？那就看這裡！

在微生物測序中，樣本的準備從根本上是確保獲得高質量DNA的前提，而樣本準備也正是讓眾多微生物科研工作者感到困擾的重要一步。今天小編就給大家分類介紹一下常見的微生物樣本類型及採樣方法。有需要的記得mark一下哦~

醫口樣本類型

農口樣本類型

醫口常見樣本採集方法

1. 糞便樣本採集

1）準備好便盆和糞便容器，洗手，帶上手套收集新鮮的糞便樣本；

2）在實驗室將裝好受試者糞便樣本，立即放在冰上進行分裝並標記；

3）用無菌牙籤或糞便取樣器截取樣品中段里部（糞便表層含有腸粘膜脫落細胞），外部容易污染，且接觸空氣後，部分細菌 DNA 開始降解；

4）用滅菌離心管每管稱取0.5-10g左右糞便樣本，每個樣本取多管備份；

5）分裝好後，若當天提取DNA，可以先放4°C，長期存放需先迅速放入液氮中，之後立即放入-80°C保存。

註：如糞便樣品量較多或不能馬上收集，最遲要在2小時之內全部收集完。

2. 腸道內容物樣品採集

1）在實驗對象死亡後，用無菌解剖刀，在無菌狀態下取出整個腸道，切取所需腸段的內容物（條件允許的話，可在無菌操作台進行）；

2）用無菌手術刀挖取內容物，立即放在冰上進行分裝並標記；

3）用滅菌離心管分裝，單個樣本取樣量：0.2-0.5g/管。為保證實驗順利進行，每個樣本取多管備份，在採樣允許的情況下，盡量多採集樣品；

4）分裝好後，若當天提取DNA，可以先放4°C，長期存放需先迅速放入液氮中，之後立即放入-80°C保存。

3. 腸道組織樣本採集

1）組織樣本用無菌磷酸鹽緩衝液輕輕清洗，直到沒有內容物流出；

2）用無菌的顯微鏡玻片刮取附著在表面的組織細菌進行DNA的提取；

3）長期存放需先迅速放入液氮中，之後立即放入-80°C保存。

4. 生殖道樣本採集

1）48h內無性行為，不得進行私處清洗、上藥等改變菌群結構的行為，30天內不能用抗生素和抗真菌類藥物；

2）用無菌棉簽充分取樣，用無菌剪刀剪下棉簽頭部，放入裝有Amies培養基的無菌離心管中，置於冰上帶至實驗室-80℃保存；

3）樣本珍貴，需進行多管備份保存；

4）提取DNA時將棉簽解凍，漩渦處理5min以重懸細胞。

5. 唾液樣本採集

1）收集唾液樣品時，用蠟膠刺激口腔分泌唾液，然後用5mL的無菌離心管收集1mL；

2）所有的樣品收集完後放於-80°C下保存。

農口常見樣本採集方法

1. 普通土壤樣本採集

1）根據研究目的確定採樣範圍，取樣器具要事先消毒滅菌處理，開始採樣；

2）去除表面浮土，使用乙醇火燒的鏟子挖取地下5~20cm的土層；

3）去除可見雜質後，土壤過2mm篩網，每個樣品從3個及以上採樣點採集並混合而成，每5～10g分為一份；

4）保存於無菌離心管中，置於0℃以下運回實驗室，用於抽提DNA；

5）如不能馬上提取，置於-80℃保存。

2. 根際土壤樣本採集

1） 使用的器具要事先消毒滅菌處理，採集20cm深的根際土壤於50mL的無菌管里；

2） 用20目的篩子過篩，去除植物根、動物殘骸以及其他雜質後分裝到無菌離心管里，每管3~5g，迅速放在液氮里儲存；

3） 密封后立即放於-80℃儲存備用。

3. 水體樣本採集

1） 根據研究目的確定採樣深度和範圍；

2） 採集好的水樣需要通過濾膜進行過濾，可以根據水樣的渾濁程度選擇相應孔徑的濾膜；

3） 將濾膜-80℃保存備用。

註：清亮水樣：可選擇小孔徑的濾膜，一般選0.22μm或0.45μm的濾膜，過濾水樣體積大於10L；

渾濁水樣：過濾前靜置分離懸浮顆粒，也可以用大孔徑的濾膜預過濾一遍，再用小孔徑的濾膜進行過濾。

4. 活性污泥及沉積物樣本採集

活性污泥：從曝氣池中取25mL懸浮的活性污泥樣本放入無RNA酶的管中，迅速放入液氮並運送到實驗室提取DNA；

地表沉積物：取距地表0-10cm的地表沉積物，每個位點取1-2kg的沉積物裝入消毒聚乙烯塑料袋中，立刻置於0℃運到實驗室進行DNA提取。

5. 植物內生菌樣品採集

1）用流水沖洗植物根樣本表面並摘到小側根，粘根土壤粒要進行化學消毒（95%的次氯酸鈉2min）；

2）用無菌玻璃珠在無菌水中劇烈搖晃，物理去除細菌；

3）用手術刀片劃開根部組織以釋放內生菌；

4）用無菌玻璃珠在9%的生理鹽水中振蕩，在30℃的條件下振蕩4h以分離內生菌；

5）用5μm濾膜過濾，15000rpm，4℃離心收集沉澱並置於液氮中保存。

「路漫漫其修遠兮，吾將上下而求索」，科研之路神秘又漫長，需要我們不斷摸索前進。對於微生物科研工作者而言，想要得到好的測序結果，首先要有高質量的樣本，今天小編給大家分類整理的微生物取樣方法，希望可以幫助解決您的取樣困擾。

微生物微吼第二講預告

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