藥物和基因之間的距離

最近小陽又犯愁了，老闆指定藥物和基因，讓繼續做機制，這故事該如何導了？

小胖最近狂練內功和輕功，飄落在了小陽的身邊，「小陽，我來和你談一下我的體會哈」，小胖靠著實驗台邊，選擇著最穩定的姿勢，準備好好和這個萌師弟談談心，當潔白的實驗服在實驗台邊沿被壓出一道深深的溝壑時，他繼續緩緩說道：「機制怎麼做，故事怎麼講，要因勢利導，因材施法。首先看看藥物的類型，藥物本身是那種類型的藥物（抗氧化？多糖類？多酚類？皂甙？生物鹼？甾體類？），有沒有經典的信號通路可靠，其次看看藥物和這個基因的關係，為啥會選這個基因，是用藥物篩出的差異基因？還是藥物的下游靶基因，還是由研究的表型選定的？最後還扯不上關係，我 們可以看看具體這個基因的背景，是個蛋白編碼基因還是非編碼，編碼基因的蛋白亞細胞定位在哪，這個蛋白的具體功能是啥？非編碼的話那咱看一下它是哪一類非編碼，它具體調控基因有哪些？亞細胞的定位在哪？」說完這段話，小胖看了一眼身旁」求知若渴「的小陽，繼續安慰：」關係總能找到的，多看文獻，多思考吧！「說完正要離去，小陽拉住了小胖:"胖哥 ，給我個形而下的法門唄?"

小胖有些鄙夷，心想他平日里慵懶慣了，想要他看文獻思考估計是來不及的。但這個小弟弟還是乖巧可人，就救救他吧。「好吧，你先預測一下你的基因受哪些轉錄因子調控吧先，聽好了「

首先，到NCBI的資料庫將該基因的轉錄調控區域找出來。基因的名稱有時會因物種不同而不一樣，千萬別混淆了。

其次再確認一下該基因的轉錄方向

現在的神器太多 ，這個資料庫就有很多可挖掘的 ，看這個是該基因在不同組織細胞中的表達情況哦。

當然我們的重點不是這個，我們直接到這來點擊genbank

選擇區域

改一下，一般選擇轉錄起始位點上游2000，下游500這樣的範圍。

點擊update就可以拿到序列了

將序列用editseq存一下，就可以到各種神器上張貼了。

先來用一個神器吧

http://alggen.lsi.upc.es/cgi-bin/promo_v3/promo/promoinit.cgi?dirDB=TF_8.3

選好物種點擊SearchSites就可以添上序列了

可以將容錯率調整到合適的數量，程序的默認容錯率15%，如果得到的轉錄因子過多，可以進行調整，設置成5%或更低。點擊submit就可以得到預測的和該序列可能結合的轉錄因子清單了

點擊進去後將基因名稱輸入就好

點擊ATM

選擇See All at QIAGEN

選對合適的種屬就可以看見預測的轉錄因子的清單明細了

前面藍色的評分很高，後面的小豎是結合位點。

這樣的在線預測工具非常多，我們一般可以對選擇一些這樣的工具進行預測，把個演算法得到的清單進行交集分析，往往準確性會越大些。

「小陽繼續努力吧！」說完 小胖飄走了，潔白的實驗服上沒有一點摺痕。

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