老司機帶你一網打盡啟動子和轉錄因子結合位點

如何尋找一個基因的啟動子並預測轉錄因子在其上的結合位點是一個不小的工程，原因有二：

網路上有海量的尋找啟動子的教程，各執一詞，常常會讓小白不知所措；

同理，轉錄因子的資料庫也有很多，而且不少已經鮮有維護，數據陳舊，使用起來很不方便。

有沒有一個資料庫能完美地一次解決這兩個問題呢？有的！今天給大家介紹的 LASAGNA-Search 2.0 便是一款十分讓你省心的在線分析資料庫。

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首先，打開資料庫的網址：

http://biogrid-lasagna.engr.uconn.edu/lasagna_search/

界面十分的簡潔，第一部分是選擇計算的模型以及需要進行匹配的轉錄因子，第二部分是選擇啟動子，第三部分是結果的過濾選項，可以調整 P 值，獲得自己所需的結果。

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首先我們是要選定進行匹配的轉錄因子模型，如果有確定的轉錄因子，如這裡我們選擇 E2F 作為範例，點擊搜索，按照物種排序，選中 Homo Sapiens，勾選方框，然後關閉窗口。

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導入啟動子序列。有兩種方式可選，第一種是自己鍵入 FASTA 序列，第二種是從資料庫取回序列，顯然第二種更為方便。

我們以 MDM2 為例，search 並將物種限定在 Homo Sapiens，這裡可以看出，軟體默認的啟動子區是 TSS 上游 450 bp 加上 TSS 區的 50 bp 組成，如果需要可以自行調整（這裡的 TSS 是資料庫自動從 UCSC 中獲取的），勾選方框，選中該啟動子區，然後關閉窗口，點擊 start searching，便能在新窗口中獲取結果。

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結果中便能看到 E2F 與 MDM2 啟動子區結合的位點，以及預測模型的分數、P 值、E 值，P 值與 E 值通常越小越好，所以相比之下，199 這個位點可信度更高，看分數也能判斷出來，點擊「Display results as images」還能獲取圖像化的信息。

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點擊「Promoter view」選項卡，可以看到 TSS 的具體位置：

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如果我們不確定是哪些轉錄因子會與啟動子區結合，想篩選轉錄因子的話，我們可以在轉錄因子選項里選擇多個轉錄因子進行匹配。

相比於矩陣模型，LASAGNA 因為少了蛋白序列向矩陣的轉化，更為準確一點，這裡我們就選擇 TRANSFAC 資料庫，點擊後會彈出選項卡，選定物種，勾選 all，然後關閉窗口。

可以看到一共有 68 個轉錄因子模型被選中。

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啟動子板塊的選項不變，我們重新搜索一下，便可以看到更為齊全的轉錄因子位點篩選結果。

作者：stupidsam

圖片來源：stupidsam

題圖來源：視覺中國

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