mNGS快速鑒定人類鼻病毒，溯源醫院感染暴發｜兒科感染雜誌

基於宏基因組的二代測序技術 (mNGS) 具有病原菌陽性檢出率高、快速、無偏倚等特點，被用於探究疑難感染病的病因。本研究使用mNGS技術調查呼吸科人類鼻病毒 (HRV) 感染的暴發源頭，推動mNGS監測和預防臨床感染病暴發的臨床轉化。

原文引用：

Greninger, A. L., Waghmare, A., et al. (2017). Rule-Out Outbreak: 24-Hour Metagenomic Next-Generation Sequencing for Characterizing Respiratory Virus Source for Infection Prevention. Journal of the Pediatric Infectious Diseases Society, 6(2), 168-172. DOI:10.1093/jpids/pix019

原文鏈接：

https://academic.oup.com/jpids/article-lookup/doi/10.1093/jpids/pix019

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事件描述

西雅圖兒童醫院對呼吸系統出現癥狀的患者採集鼻咽拭子，採用常規實驗檢測呼吸道病毒。在連續三周內，常規實驗檢出4例醫院內HRV感染陽性患者，一例患者家屬和護理人員出現輕微呼吸系統癥狀。4例患者SCH107、SCH108、SCH109和SCH110在HRV檢測陽性前均因患有原發疾病已至少住院1個月，且病房相鄰。其中SCH110確診在第17-21天病情緩解後與SCH109同住，在第22天與SCH109均檢出HRV陽性。醫院懷疑出現HRV院內感染，採用mNGS技術以社區內出現的HRV陽性患者為對照進行樣本的全基因組測序。

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mNGS結果

在對4例案例和5例門診患者的HRV全基因、其餘門診患者的部分基因組進行測序後，mNGS檢出該16個樣本內有15個 (94%) 樣本含有HRV序列讀數。結果表明在15例樣本中有2例親緣關係最近的HRV基因組可以溯源至172年前的共同祖先，它們之間的親緣關係較遠，因此排除了醫院內HRV感染相繼引發患者發病的憂慮。

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mNGS溯源醫院感染暴發，排除院內感染可能

mNGS從樣本接收到進化分析的交付周期只有24h，可快速地進行病原菌的全基因組測序和各病例菌株之間的進化分析，判讀HRV醫院內或者社區內暴發與否，進而幫助醫院和社區採取及時、有效的預防措施阻止或減緩疾病暴發。

本文由華大醫學Micro-NGS感染頻道提供，關注華大醫學 (ID: bgidx-dyh) 公眾號了解更多內容。

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