ACMG公布最新名單！與59個疾病基因的臨床測序有關

進行臨床外顯子組和基因組測序時，分析報告十分重要，尤其是二次結果報告（ secondary findings）。那麼到底哪些基因在臨床測序時需要生成二次結果報告呢？11月17日，美國醫學遺傳學和基因組學學會（ACMG）更新了臨床測序試驗時需要生成二次結果報告的基因名單，共有59個被納入名單列表中，相關結果發表在Genetics in Medicine雜誌上。

需要生成二次結果報告的59個基因名單

隨著基因組測序變得越來越普遍，對醫學、法律、社會和經濟產生了巨大的影響。作者寫道，「測序二次結果對臨床醫生、個別患者及家屬、大部分人群產生的重要影響，需要基因組學界好好研究。」

需要生成二次結果報告的59個基因名單

來源：Genetics in Medicine官網

添加4個基因，刪除1個基因

ACMG在2013年建議，56個基因在臨床測序時需要生成二次結果報告。已知這些基因存在突變會導致嚴重疾病，而且這些突變的相關信息有助於引導相關的臨床措施。此次，ACMG在原來列表中增加了4個基因，同時還剔除了原有的1個基因。

此次，ACMG工作組考察了6個基因，這些基因均在2015年3月至2016年3月之間被提名。其中4個被添加到列表中；1個被剔除在列表之外；還有1個基因與基底細胞癌相關，名為PTCH1基因，ACMG工作組認為它不符合影響醫療管理的標準。

增加的4個基因，包括BMPR1A、SMAD4、ATP7B和OTC。其中BMPR1A和SMAD4與幼年性息肉病相關，ATP7B與肝豆狀核變性有關，OTC與鳥氨酸氨甲醯轉移酶缺乏症相關。刪除的基因為 MYLK，與家族性胸主動脈瘤及夾層動脈瘤相關。

成立新的管理流程，定期更新

ACMG成立了一個工作小組，並制定新的流程來管理和更新列表，以及接受和評估被提名的基因。在目前生成的基因列表中，該小組只接受了由ACMG成員提上來的基因。但在未來，他們計劃接受其他專業組織提名的基因，包括遺傳諮詢師、初級保健醫生以及其他臨床專家。

ACMG發布的臨床外顯子組和基因組測序相關建議開始在一些沒有任何標準可依的地區擴散。如今他們在最新的建議中明確了患者可以自行選擇是否被告知結果，並且這些建議適用於成人和兒童。

藥物基因組突變是下一步目標

ACMG的新建議還概述了未來藥物基因組學突變的相關計劃，他們制定了一種藥物基因組及突變的提名形式，並創造一種方法來評估基因及其臨床影響。

基於藥物基因組變異，臨床藥理學實施聯盟已經制定了相關的管理建議，但根據ACMG小組，由於缺乏隨機對照試驗以及只有少量的病人結果可使用，評估藥物基因組變異對臨床結局的影響已經被證明很難。

作者指出，通過臨床外顯子組和基因組測序來生成藥物基因組變異報告存在更大的挑戰。一些藥物基因組存在假基因，且很難區分假基因變異和實際基因變異。一些藥物基因組學結果是基於由幾種變異組成的單倍型，其中一些是內含子，並且無法被外顯子組測序覆蓋。

作者還指出，星號等位基因（star allele）的命名可能需要簡化，因為它們並不總是為遺傳學家所熟悉。在實施臨床外顯子測序時，並不總是需要藥物基因組學結果。此外，作者表示他們計劃把重點放在與常用處方葯及其嚴重不良影響的藥物基因組突變上。

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